SKRINING IN SILICO SENYAWA AKTIF DARI BENGKOANG (Pachyrrhizus erosus) SEBAGAI INHIBITOR TIROSINASE PADA Homo sapiens : STUDI KOMPUTASIONAL MELALUI HOMOLOGY MODELING DAN MOLECULAR DOCKING

Anny Azhary Mustikawaty, Dr. rer. nat. Endang L., M.Si., Apt. ; B.S. Ari Sudarmanto, M.Si., S. Si.

2012 | Skripsi | S1 FARMASI

Mekanisme whitening agent salah satunya adalah dengan menghambat kerja enzim tirosinase pada proses melanogenesis. Namun, enzim tirosinase manusia belum dapat dideterminasikan secara eksperimental sehingga penelitian terhadap tirosinase manusia belum dapat dilakukan. Homology modeling merupakan salah satu cara yang dapat digunakan untuk memodelkan struktur tiga dimensi dari enzim tirosinase pada manusia. Dari model tersebut diprediksi interaksi senyawa dalam bengkoang (Pachyrrhizus erosus) dalam menghambat enzim tirosinase pada manusia menggunakan pendekatan molecular docking yaitu dengan analisis pose dan dapat diprediksi kekuatan ikatan antara senyawa ligan pada binding site protein target dengan menganalisis nilai score yang dihasilkan. Homology modeling dijalankan dengan menggunakan template Bacillus megaterium (TyrBm) dan metode Amber99. Model yang didapatkan dievaluasi menggunakan analisis plot Ramachandran, z-score, dan plot energi ProSA. Model terbaik digunakan untuk docking molecular menggunakan ligand site, placement method ALPHA PMI, dan scoring function Affinity DG. Model terbaik adalah model TyrHSM (alignment default MOE) dengan 96,7% residu berada di allowed region pada plot Ramachandran, memiliki positive region pada plot energi paling sedikit, dan memiliki ratio z-score >1. Senyawa ligan bengkoang (Pachyrrhizus erosus) yang diprediksi memiliki afinitas paling baik pada tirosinase manusia adalah 2-Butoksi-2,5- bis(hidroksimetil)-tetrahidrofuran-3,4-diol (PE1) dengan score -0.3598 kcal/mol

Kata Kunci : tirosinase, homology modeling, bengkoang (Pachyrrhizus erosus), molecular docking