KAJIAN SIMULASI DINAMIKA MOLEKULER SENYAWA ANTIMALARIA EURIKUMALIDA A; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION STUDIES ON EURYCOMALIDA A AS ANTIMALARIAL COMPOUNDS

Linus Ardian Jati Setyawan, Ria Armunanto

2015 | Skripsi | PROGRAM STUDI KIMIA

Kajian simulasi dinamika molekuler senyawa antimalaria eurikumalida A telah dilakukan. Docking molekuler digunakan sebagai tahap awal untuk memulai simulasi dinamika molekuler. Docking molekuler dilakukan berdasarkan kemiripan aktivitas antimalaria ligan cyclopiazonic acid (CPA) dan ligan eurikumalida A di dalam protein Plasmodium falciparum ATPase (PfATP6) dengan metode RMSD (Root Mean Square Deviation) dan scoring. Simulasi dinamika molekuler dilakukan untuk memprediksi kelarutan ligan dan kompleks protein-ligan dalam pelarut air dengan metode free energy perturbation (FEP) di dalam keadaan NPT (simulasi dengan jumlah atom, tekanan dan suhu yang tetap). RMSD dihitung untuk mengetahui perubahan struktur protein yang terjadi selama simulasi dinamika molekuler berlangsung dalam keadaan NPT. Hasil penelitian menunjukkan bahwa docking molekuler ligan CPA memiliki RMSD 0,38 Å merupakan keberhasilan proses docking. Konformasi pertama eurikumalida A memiliki score yang paling rendah yaitu -63,64 kJ/mol dan merupakan konformasi terbaik eurikumalida A. Dari data energi bebas solvasi ligan dalam air, diketahui bahwa kelarutan ligan eurikumalida A (-132,84 + 3,76 kJ/mol) lebih tinggi bila dibandingkan ligan CPA (-32,56 + 0,52 kJ/mol). Hasil perhitungan energi bebas solvasi kompleks protein-ligan dalam air juga menunjukkan hal yang sama, kelarutan kompleks protein-ligan eurikumalida A (-211,28 + 10,70 kJ/mol) lebih tinggi bila dibandingkan kompleks protein-ligan CPA -127,56 + 5,97 kJ/mol). Hasil RMSD kompleks protein-ligan CPA dan kompleks protein-ligan eurikumalida A mengalami kenaikan di awal simulasi kemudian menurun. Grafik RMSD kompleks protein-ligan CPA kembali mengalami kenaikan sampai akhir simulasi. Berbeda dengan kompleks proteinligan CPA, kompleks protein-ligan eurikumalida A cenderung stabil setelah mengalami penurunan. Jika dilihat dari grafik RMSD, struktur kompleks proteinligan eurikumalida A lebih stabil dari pada struktur kompleks protein-ligan CPA. Data kelarutan dan RMSD membuktikan bahwa, ligan eurikumalida A mampu dikembangkan sebagai obat antimalaria.

Kata Kunci : Eurikumalida A, Antimalaria, docking molekuler, RMSD, simuasi dinamika molekuler