KARAKTERISASI FRAGMEN 0,4 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Alcaligenes sp. JG3; CHARACTERIZATION OF 0.4 kb PUTATIVE LIPASE GENE FRAGMENT FROM Alcaligenes sp. JG3 BACTERIUM

Norman Yoshi Haryono, Tri Joko Raharjo

2014 | Skripsi | PROGRAM STUDI KIMIA

Telah dilakukan karakterisasi fragmen 0,4 kb gen putatif lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3. Penelitian ini dilakukan dengan tujuan untuk mengamplifikasi DNA bakteri Alcaligenes sp. JG3 menggunakan PCR (Polymerase Chain Reaction) sehingga dapat ditentukan urutan gen tersebut dan juga melakukan analisis homologi gen pengkode lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3 terhadap bakteri Alcaligenes lainnya. Penelitian ini diawali dengan mendesain primer dari gen lipase bakteri Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687. Amplifikasi dengan PCR dilakukan dengan kondisi predenaturasi pada 95 °C selama 5 menit yang diikuti dengan 35 siklus, denaturasi pada 95 °C selama 1 menit, annealing pada 52 °C selama 1 menit dan ekstensi pada 72 °C selama 1 menit. Proses ekstensi terakhir diperpanjang selama 5 menit. DNA hasil amplifikasi kemudian dianalisis menggunakan elektroforesis gel agarosa dan diamati dengan spektrofotometer UV-Visible. Fragmen DNA yang diperoleh kemudian disekuensing dan dianalisis kemiripannya terhadap gen pengkode lipase lain pada bank gen. DNA genomik dan plasmid diamplifikasi menggunakan primer hasil desain yaitu primer forward 5’- GTCTACAGCAATCCCAAGAC-3’ dan primer reverse 5’- GGAGGGGTAAATCCACAGTT-3’. DNA genomik dan plasmid berhasil diamplifikasi dengan ukuran 416 pb (0,4 kb) dan 393 pb (0,3 kb). Hasil pensejajaran dengan gen lipase Alcaligenes faecalis subsp. faecalis NCIB 8687 diperoleh persentase kemiripan sebesar 87,74% untuk DNA genomik dan 73,28% untuk DNA plasmid. Berdasarkan hasil tersebut dapat diperkirakan bahwa fragmen 0,4 kb merupakan bagian dari gen putatif lipase dari bakteri Alcaligenes sp. JG3.

Kata Kunci : Alcaligenes sp. JG3, enzim lipase, PCR