PENGEMBANGAN METODE DETEKSI KONTAMINASI BAKTERI PATOGEN Escherichia coli DALAM SUSU DENGAN REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR); DEVELOPMENT METHOD OF DETECTION CONTAMINANT PATHOGENIC BACTERIA Escherichia coli IN MILK WITH REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR)

AMALIA MASTUROTUL M, Tri Joko Raharjo

2014 | Skripsi | PROGRAM STUDI KIMIA

Penelitian deteksi kontaminasi bakteri patogen Escherichia coli dalam susu dengan Real-Time Polymerase Chain Reaction (RTi-PCR) dengan gen target tuf telah dilakukan. Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode deteksi kontaminasi bakteri E. coli dalam susu secara cepat. Tahapan penelitian dimulai dengan pengembangan metode yang meliputi peremajaan kultur E. coli, isolasi DNA, analisis konsentrasi DNA, serta amplifikasi dengan RTi-PCR yang dikombinasikan dengan Melting Curve Analysis. Kemudian penelitian dilanjutkan dengan validasi metode yang meliputi uji spesifisitas untuk membandingkan antara kontrol positif dan kontrol negatif, uji presisi yaitu perulangan metode pada 10 sampel kontrol positif, serta penentuan cut off deteksi. Tahap terakhir penelitian yaitu aplikasi metode pada sampel susu yang dijual di pasaran. Hasil penelitian menunjukkan bahwa metode RTi-PCR dengan primer TEco1553 dan primer TecoI754 spesifik untuk mendeteksi kontaminasi E. coli dalam susu dengan titik leleh puncak (melting peak point) yang khas pada 84,50 °C. Uji spesifisitas menunjukkan metode ini spesifik untuk mendeteksi kontaminasi E. coli dalam susu. Sedangkan pada uji presisi menunjukkan hasil kesepuluh kontrol positif dapat diamplifikasi dengan metode RTi-PCR. Metode RTi-PCR ini mampu mendeteksi kontamninasi E. coli dalam susu segar dengan cut off deteksi hingga 1,6 CFU/mL. Hasil analisis dari lima sampel susu di pasaran menunjukkan sampel susu yang dijual di pasar tradisional dan kedai susu positif terkontaminasi E. coli.

Kata Kunci : Escherichia coli; kontaminasi susu; Real-Time PCR