VALIDASI UJI KONTAMINASI BABI DALAM BAKSO DENGAN METODE REAL TIME-POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR); VALIDATION OF TESTING METHOD FOR PORCINE CONTAMINANT IN MEATBALLS BY REAL TIME-POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR) METHOD

ESTI ENJELINA, Tri Joko Raharjo

2013 | Skripsi | Program Studi S1 Kimia

Telah dilakukan analisis kontaminasi babi pada bakso dengan real time polymerase chain reaction (RTi-PCR) berdasarkan perbedaan urutan DNA mitokondria. Penelitian bertujuan untuk memperoleh metode analisis uji kontaminasi babi yang siap diakreditasikan. Penelitian yang dilakukan meliputi 3 tahapan yakni optimasi, validasi, dan aplikasi metode. Penelitian diawali dengan isolasi DNA menggunakan fenol-KIAA (kloroform-iso amil alkohol). Optimasi metode RTi-PCR dilakukan dengan menguji gradien temperatur (50,5 – 59,5 oC) untuk memperoleh temperatur annealing (Ta) optimal dari primer ND5 forward (5’-CATTCGCCTCACTCACATTAACC-3’) dan primer ND5 reverse (5’-AAGAGAGAGTTCTACGGTCTGTAG-3’). Kondisi PCR yang digunakan berupa pre-denaturasi pada temperatur 95 oC selama 30 detik, denaturasi pada temperatur 95 oC selama 2 detik dan annealing pada Ta optimal selama 5 detik serta melting curve analysis pada temperatur 65,0 – 95,0 oC. Metode divalidasi dengan menentukan spesifisitas, presisi dan batas deteksi (cut off). Aplikasi metode dengan menguji sampel produk bakso di pasaran. Hasil RTi-PCR dengan primer ND5 berupa fragmen DNA dengan Tm (titik leleh) sebesar 78,5 ºC dan Ct (Cycle number threshold) bervariasi dengan ukuran fragmen 227 pb menggunakan elektroforesis gel agarosa. Ta optimal untuk PCR adalah 58,0 ºC. Metode memiliki spesifisitas tinggi dimana primer ND5 hanya mengamplifikasi DNA babi dan tidak terbentuk amplikon pada kontrol negatif (bakso babi 0%). Presisi metode baik dengan hasil yang konsisten setelah 10 kali pengulangan pada waktu isolasi yang berbeda untuk masing-masing kontrol positif dan negatif. Metode masih dapat mendeteksi sampai dengan 1% kontaminasi babi. Analisis RTi-PCR terhadap 8 sampel bakso berhasil mendeteksi 1 sampel dari pasar tradisional yang positif terkontaminasi babi.

Kata Kunci : bakso; DNA babi; validasi metode; primer ND5; real-time PCR