VALIDASI UJI KONTAMINASI BABI DALAM NUGGET DENGAN METODE REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR); VALIDATION OF PORCINE TEST ON NUGGET BY REAL-TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR)

IMELDA OCTA TAMPUBOLON, Tri Joko Raharjo

2013 | Skripsi | Program Studi S1 Kimia

Telah dilakukan validasi uji kontaminasi babi dalam nugget dengan metode real-time Polymerase Chain Reaction (rti-PCR). Penelitian ini bertujuan untuk mengembangkan metode identifikasi DNA babi pada nugget berbasis uji DNA sehingga dapat digunakan sebagai metode uji untuk autentikasi kehalalan pangan. Real-time PCR mengamplifikasi DNA target NADH sub unit ND5 di mitokondria babi menggunakan primer spesies spesifik yaitu primer forward ND5 (5’-CATTCGCCTCACTCACATTAACC-3’), dan primer reverse ND5 (5’-AAGAGAGAGTTCTACGGTCTGTAG-3’). Tahapan penelitian terdiri atas penentuan temperatur annealing (Ta) dan validasi metode meliputi uji spesifisitas, uji presisi dan penentuan batas deteksi. Aplikasi metode real-time PCR digunakan untuk deteksi cemaran babi pada nugget. Isolasi DNA nugget menggunakan metode fenol KIAA. Amplifikasi fragmen DNA dilakukan dengan kondisi PCR pra denaturasi pada temperatur 95 °C selama 30 detik, denaturasi pada temperatur 95 °C selama 2 detik dan penempelan primer pada Ta optimal hasil optimasi metode selama 5 detik. Hasil amplifikasi DNA menggunakan metode real-time PCR dengan primer ND5 menghasilkan amplikon dengan titik lebur sebesar 79 °C dan pita fragmen 227 pasang basa melalui uji kualitatif elektroforesis gel agarose. Temperatur annealing optimal yang diperoleh sebesar 58 °C. Metode tervalidasi memiliki spesifisitas dan sensitivitas yang tinggi, primer ND5 spesifik mengamplifikasi DNA babi dan batas deteksi batas deteksi hingga 1% kontaminasi babi dalam produk pangan. Tujuh sampel yang diujikan terbukti tidak mengandung daging babi.

Kata Kunci : Halal; Nugget; DNA Babi; Primer ND5; real-time PCR