KARAKTERISASI FRAGMEN 0,8 DAN 0,2 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Azospirillum sp. JG3; CHARACTERIZATION OF 0.8 AND 0.2 kb PUTATIVE LIPASE GENE FRAGMENT FROM BACTERIUM Azospirillum sp. JG3

Dilin Rahayu Nataningtyas, Tri Joko Raharjo

2013 | Skripsi | PROGRAM STUDI KIMIA

Telah dilakukan penelitian mengenai karakterisasi fragmen 0,8 dan 0,2 kb hasil amplifikasi PCR dari Azospirillum sp. JG3. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan urutan fragmen gen lipase bakteri tanah ini. Amplifikasi fragmen gen dilakukan dengan PCR (Polymerase Chain Reaction) yang dimulai dengan mendesain primer berdasarkan urutan gen pengkode asilgliserol lipase dari Azospirillum sp. B510 yang telah terpublikasi di genebank. Hasil desain primer disintesis dan digunakan untuk amplifikasi PCR terhadap total DNA yang diisolasi dari bakteri Azospirillum sp. JG3. Kondisi reaksi PCR yang digunakan adalah denaturasi awal 95 °C selama 5 menit diikuti 35 siklus dari denaturasi pada 95 °C selama 30 detik, penempelan primer pada 57 °C selama 30 detik, dan ekstensi pada 72 °C selama 45 detik serta ekstensi akhir diperpanjang 5 menit. Dua fragmen hasil PCR kemudian diisolasi dan dimurnikan untuk dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis dengan membandingkan urutan nukleotida gen lipase milik Azospirillum sp. B510 dan gen lipase yang ada di genebank. Ada beberapa kandidat primer yang dihasilkan dari hasil desain dan primer yang terpilih adalah AzoF3 (5’ GGA TCA CCT ATA CCC TCG TC 3’) dan AzoR3 (5’ CTT CAG GTC ACG CAA CAG 3’) dapat mengamplifikasi cetakan DNA bakteri ini dengan ukuran 0,8 dan 0,2 kb. Analisis hasil sekuensing fragmen PCR masing-masing menunjukkan kemiripan sebesar 55,59% (0,8 kb) dan 61,03% (0,2 kb) dengan urutan DNA asilgliserol lipase Azospirillum sp. B510. Dengan demikian fragmen 0,8 kb dan 0,2 kb hasil amplifikasi diduga merupakan fragmen yang mirip (putatif) dengan bagian gen lipase dari satu genus.

Kata Kunci : Gen lipase; PCR; Azospirillum sp. JG3