PENGEMBANGAN METODE ANALISIS CEPAT CEMARAN BAKTERI PATOGEN Staphylococcus aureus DALAM SUSU DENGAN REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR); DEVELOPMENT OF RAPID ANALYSIS METHOD OF PATHOGENIC BACTERIA Staphylococcus aureus CONTAMINATION IN MILK USING REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION (RTi-PCR)

RISNITA VICKY LISTYARINI, Tri Joko Raharjo

2014 | Skripsi | PROGRAM STUDI KIMIA

Telah dilakukan analisis cemaran bakteri Staphylococcus aureus pada susu dengan Real Time Polymerase Chain Reaction (RTi-PCR) dalam susu dengan target gen nuc S. aureus. Penelitian ini bertujuan mengembangkan metode deteksi cepat terhadap cemaran S.aureus dalam susu. Penelitian yang dilakukan dibagi menjadi tiga tahap yaitu pengembangan metode, validasi metode dan aplikasi metode. Pengembangan metode meliputi isolasi DNA S. aureus, kuantifikasi DNA dengan spektrofotometri UV-Vis dan amplifikasi dengan metode RTi-PCR. Amplifikasi dilakukan dengan menguji temperatur annealing (Ta) antara 58 – 60 °C untuk memperoleh Ta optimal. Kondisi RTi-PCR adalah denaturasi awal 95 °C selama 3 menit, denaturasi 95 °C selama 5 detik, annealing pada Ta optimal selama 30 detik serta Melting Curve Analysis. Validasi metode yang dikembangkan meliputi uji spesifisitas, uji presisi dan penentuan cut off detection. Spesifisitas metode diuji dengan membandingkan analisis pada susu terkontaminasi S.aureus dan susu tidak terkontaminasi. Presisi metode diamati dengan melakukan pengulangan analisis terhadap susu terkontaminasi S. aureus. Penentuan cut off detection dilakukan dengan analisis susu yang dikontaminasi S.aureus dengan variasi konsentrasi bakteri. Aplikasi metode yang dikembangkan dilakukan pada susu yang dijual di pasaran lokal. Hasil penelitian menunjukkan metode RTi-PCR dengan primer nuc A1 dan nuc A2 spesifik mendeteksi DNA bakteri S. aureus dengan Tm (melting temperature) amplikon 79 °C. Ta optimal untuk PCR adalah 58 °C. Metode RTi- PCR spesifik mendeteksi susu yang terkontaminasi S. aureus. Uji repitabilitas menunjukkan susu yang terkontaminasi S. aureus memiliki Tm amplikon 78,5 – 79 °C dan nilai rata-rata Ct (Cycle number threshold) adalah 32,63 ± 1,08. Metode dapat mendeteksi S. aureus hingga 1,04 × 101 CFU/mL sampel. Hasil aplikasi metode menunjukkan dua sampel susu pasteurisasi, susu yang dijual di pasar tradisional dan susu yang dijual di warung susu positif terdeteksi adanya S. aureus dan susu UHT tidak terdeteksi

Kata Kunci : Staphylococcus aureus; susu; RTi-PCR