KARAKTERISASI FRAGMEN 0,4 kb GEN PUTATIF LIPASE DARI BAKTERI Azospirillum sp. JG3; CHARACTERIZATION OF THE 0.4 kb GENE FRAGMENT ENCODING PUTATIVE LIPASE FROM Azospirillum sp. JG3

Ery Nourika Alfiraza, Tri Joko Raharjo

2014 | Skripsi | Program Studi S1 Kimia

Telah dilakukan karakterisasi fragmen 0,4 kb gen putatif lipase dari bakteri Azospirillum sp. JG3. PCR (Polymerase Chain Reaction) dilakukan terhadap DNA Azospirilium sp. JG3. dengan menggunakan primer yang didesain berdasarkan urutan gen pengkode asilgliserol lipase pada spesies Azospirilium sp. B510 yang sudah dipublikasi di genebank. Proses amplifikasi dimulai dengan melakukan isolasi DNA bakteri sebagai template PCR. PCR dilakukan dengan kondisi predenaturasi pada 95 °C selama 5 menit, diikuti 35 siklus dari denaturasi pada 95 °C selama 30 detik, annealing pada 58 °C selama 45 detik dan ekstensi pada 72 °C selama 45 detik. Siklus terakhir, yakni pada 72 °C, diperpanjang selama 5 menit. Fragmen hasil PCR kemudian diisolasi untuk dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing dianalisis untuk menentukan homologi dengan gen pengkode lipase lain dalam genebank. Primer hasil desain, yaitu AZF5 (5‘ CACCTACGCCTATGACCAG 3‘) dan AZR5 (5‘ TCTCGATGTTGTCGGATGG 3‘) dapat mengamplifikasi template DNA bakteri dan menghasilkan 4 fragmen. Diantara keempat fragmen tersebut, terdapat satu fragmen yang ukurannya mendekati fragmen target, yaitu sebesar 0,4 kb. Berdasarkan analisis hasil sekuensing dengan menggunakan Clustal, urutan DNA fragmen gen Azospirillum sp.JG3 mempunyai kemiripan dengan urutan DNA pengkode lipase bakteri Azospirillum sp. B510 sebesar 46,90% sehingga dimungkinkan bahwa fragmen 0,4 kb adalah bagian dari gen putatif lipase bakteri Azospirilium Sp. JG3.

Kata Kunci : PCR; lipase; Azospirillum sp. JG3