PREDIKSI SEKUENS PROTEIN VIRUS FLU BURUNG MENGGUNAKAN HIDDEN MARKOV MODEL; PROTEIN SEQUENCE PREDICTION OF AVIAN INFLUENZA VIRUS USING HIDDEN MARKOV MODEL

MARCEL JECONIAH, Faizah

2013 | Skripsi | PROGRAM STUDI ILMU KOMPUTER

Flu burung merupakan salah satu penyakit berbahaya yang telah menyebabkan banyak kematian di seluruh dunia. Mudahnya mengalami mutasi dan tingginya frekuensi penataulangan genetika menyebabkan virus ini mudah berkembang dan menyebar. Hal ini menjadi tantangan berat bagi upaya pengendalian terhadap virus ini. Selain itu, penyakit ini pun masih mewabah di Indonesia. Oleh karena itu, prediksi sekuens protein virus flu burung dapat menjadi solusi untuk mengantisipasi perkembangan virus ini. Penelitian ini menggunakan hidden markov model untuk melatih sekuens protein virus flu burung secara komputasional dan menggunakan algoritma viterbi untuk memprediksi sekuens protein virus flu burung. Penelitian ini membandingkan hasil prediksi dari model prediktif menggunakan data pelatihan yang tidak disejajarkan dengan data pelatihan yang disejajarkan, dan juga membandingkan hasil prediksi dari beberapa model prediktif menggunakan data pelatihan yang dipecah menjadi bagian-bagian kecil dengan ukuran yang berbeda. Penelitian ini menunjukkan bahwa hidden markov model dapat digunakan untuk memprediksi sekuens protein virus flu burung dengan rata-rata nilai akurasi hasil prediksi terbaik, yaitu 94.69% ± 15.45%, didapatkan dari model prediktif menggunakan data pelatihan yang disejajarkan dan dipecah dengan ukuran 1.

Kata Kunci : virus flu burung; hidden markov model; model prediktif