UJI KEMURNIAN DNA MELON (Cucumis melo L.) KULTIVAR “GAMA MELON BASKET” HASIL ISOLASI DENGAN METODE EKSTRAKSI DETERGEN MENGGUNAKAN SURFACE PLASMON RESONANCE (SPR) BERBASIS NANOPARTIKEL PERAK; PURIFICATION ANALYSIS OF MELON (Cucumis melo L.) DNA OF “GAMA MELON BASKET” CULTIVAR RESULTED FROM ISOLATION BY DETERGENT EXTRACTION METHOD USING SILVER NANOPARTICLE-BASED SURFACE PLASMON RESONANCE (SPR)

THOYIBI, Kamsul Abraha

2013 | Skripsi | PROGRAM STUDI FISIKA

Uji tingkat kemurnian DNA sangat penting dilakukan sebagai prosedur dalam banyak penelitian pada bidang biologi molekuler, salah satunya adalah pada kontrol kemurnian DNA kultivar “Gama Melon Basket”. Pengujian dilakukan dengan mengamati fenomena surface plasmon resonance (SPR) pada sistem lapisan tipis perak + nanopartikel perak (Ag) sebagai sensor DNA dalam konfigurasi Kretschmann. Fenomena surface plasmon resonance (SPR) diamati pada kondisi resonansi spektrum reflektansi pada tiap variasi sudut datang laser terhadap prisma. Konfigurasi SPR ini dibangun sebagai model uji tingkat kemurnian DNA yang dapat menjawab kebutuhan akan sistem pengukuran yang lebih akurat. Uji kemurnian DNA dilakukan dengan mendeposisikan lapisan DNA dengan variasi rasio pada masing masing prisma untuk kemudian diperoleh hasil pergeseran sudut yang terjadi pada masing masing sampel. Kemurnian DNA didefinisikan sebagai kualitas DNA yang disajikan dalam nilai rasio atau perbandingan jumlah DNA murni dibandingkan dengan jumlah pengotor (protein). Setelah dideposisikan DNA dengan rasio 1,774, 1,838 dan 1,916 sudut SPR bergeser masing-masing sebesar 0, 40? ? 0,05? , 0, 20? ? 0,05? dan 0,10? ? 0,05? . Perbedaan karakteristik DNA dengan kemurnian (rasio) berbeda ditunjukkan oleh nilai reflektansi yang semakin besar pada nilai rasio yang lebih kecil, sehingga semakin besar rasio DNA maka akan semakin kecil pergeserannya. Pergeseran sudut SPR sebelum dan sesudah deposisi DNA menunjukkan sensitifitas SPR sebagai sensor DNA.

Kata Kunci : Surface plasmon resonance (SPR); sensor DNA; nanopartikel perak; konfigurasi Kretschmann