VALIDASI METODE DETEKSI KEDELAI TRANSGENIK DENGAN REAL TIME PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION) DAN APLIKASINYA UNTUK UJI KEDELAI KOMERSIAL; VALIDATION OF DETECTION METHOD OF TRANSGENIC SOYBEAN USING REAL TIME PCR (POLYMERASE CHAIN REACTION)AND ITS APLICATION FOR TESTING COMMERCIAL SOYBEAN

SYAFITRI HASYYATI, Tri Joko Raharjo

2012 | Skripsi | Program Studi S1 Kimia

Pada penelitian ini dilakukan validasi metode uji tanaman kedelai transgenik dengan teknik real time PCR serta aplikasinya terhadap sampel acak kedelai di pasaran. Tujuan dari penelitian ini adalah menyiapkan metode uji tanaman transgenik yang siap digunakan untuk akreditasi ISO 17025. Penelitian in dimulai dengan isolasi DNA kedelai menggunakan metode Fenol KIAA. Real time PCR dilakukan menggunakan primer yang mengamplifikasi promotor 35S yang spesifik terdapat pada tanaman transgenik. Optimasi kondisi PCR dilakukan terhadap kondisi penempelan primer pada temperatur 50,1 oC hingga 60,1 oC dengan sistem gradien temperatur. Reaksi PCR dilakukan dengan kondisi predenaturasi 95 oC selama 30 detik, denaturasi 95 oC selama 2 detik dan penempelan primer pada Ta optimal selama 5 detik. Kurva Tm dibuat pada rentang temperatur 65-95 oC. Validasi metode yang dilakukan meliputi uji spesifisitas, uji presisi dan penentuan batas deteksi. Aplikasi metode dilakukan terhadap 10 sampel kedelai yang berasal dari pasar tradisional, pasar swalayan dan impor. Hasil real time PCR promoter 35S tanaman transgenik berupa suatu fragmen dengan Tm (titik leleh amplikon) sebesar 83,5 oC yang mempunyai ukuran 195 pb dalam elektroforesis. Kondisi optimal PCR pada Ta = 56,4 dan 59,5 oC. Metode memiliki spesifisitas tinggi dengan tidak ditemukannya amplifikasi pada kontrol negatif. Presisi metode baik dengan hasil konsisten setelah 10 kali pengulangan. Metode dapat mendeteksi sampai dengan 5 pg sampel DNA kedelai. Dari 10 sampel kedelai komersial diuji, 8 diantaranya positif merupakan kedelai transgenik sedangkan 3 sampel tempe yang diujikan semua positif mengandung kedelai transgenik.

Kata Kunci : real time PCR; kedelai transgenik; P35S