IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS INFECTIOUS BURSAL DISEASE DENGAN METODE REVERSE TRANSCRIPTASE POLYMERASE CHAIN REACTION

NISWAH, Choirun , Michael Haryadi Wibowo

2014 | Skripsi |

Infectious Bursal Disease (IBD) merupakan penyakit viral yang disebabkan oleh virus bergenom ds-RNA yang berasal dari family Birnaviridae. Penyakit yang dikenal dengan nama gumboro tersebut menginfeksi organ limfoid terutama bursa fabrisius pada ayam muda berumur 3-6 minggu. Gumboro menyebabkan kerugian ekonomi yang besar pada industri perunggasan yaitu angka mortalitas dan morbiditas yang meningkat pada ayam akibat imunosupresif, oleh karena itu, deteksi dini terhadap virus IBD sangat diperlukan untuk mencegah penyebaran virus tersebut. Salah satu metode identifikasi yang dilakukan ialah reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR). Metode RT-PCR dipilih dikarenakan memiliki sensitifitas dan keakuratan yang lebih tinggi dibandingkan dengan metode konvensional lainnya, misalnya ELISA dan AGPT. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi IBDV dengan metode RT-PCR. Organ yang diuji pada penelitian ini berupa isolat chorioallantois membrane (CAM) yaitu isolat MHW/Yanti/Layer/2011 dan isolat MHW/Bro/2012; dan organ limfoid bursa fabrisius yaitu MHW/SR-A, MHW/SRB, MHW/N18/15-4-2014, MHW/N18/14-4-2014, MWH/N1/15-4-2014 dan MHW/NF/2014. Sampel dan isolat pertama-tama dibuat suspensi, selanjutnya diekstraksi untuk mendapatkan RNA dengan menggunakan kit ekstraksi RNA dari GeneAid dan dilakukan proses RT-PCR menggunakan kit Invitrogen dengan forward primer (5´-GTCTACACCATAACTGCCGCAGATGAT-3´) dan reverse primer (5´-GGCTACTAGTGTGACGGGGCGGAGGGCACC-3´) yang akan mengamplifikasi gen VP2 dari virus IBD dan menghasilkan produk amplifikasi dengan panjang 440 bp. Hasil amplifikasi selanjutnya diamati dengan agar gel elektroforesis konsentrasi 1,5%. Hasil penelitian menunjukkan dua isolat memberi hasil positif yaitu pada isolat MHW/Yanti/Layer/2011 dan isolat MHW/Bro/2012, sedangkan enam sampel lainnnya menunjukkan hasil negatif, yaitu MHW/SR-A, MHW/SR-B, MHW/N18/15-4-2014, MHW/N18/14-4-2014, MWH/N1/15-4-2014 dan MHW/NF/2014. Hasil positif pada elektroforesis gel agarose ditunjukkan dengan adanya band dengan panjang 440 bp.

Infectious bursal disease (IBD) is a viral disease that caused by double strand RNA (dsRNA) virus that derived from Birnaviridae family. The disease is well known as Gumboro has infected lymphoid tissue of 3-6 weeks old young chicken, especially on bursa of Fabrisius. Gumboro cause a huge economic loss in the poultry industry, examples increasing the mortality and morbidity in chickens due to the immunosuppressive effects, therefore, early detection of IBD virus is necessary to prevent spreading of IBDV. A moleculer techniques that have been frequently used to detect IBDV is Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), RT-PCR method was choosen due to highly sensitifity and accurate than the convensional methods such as ELISA and AGPT. This research aims to identify IBDV with one-step RT-PCR method. The tested tissue used in this research were isolate IBD virus chorioallantois membrane (MHW/Yanti/Layer/2011 isolate and MHW/Bro/2012 isolate) and samples of bursa of Fabrisius (MHW/SR-A, MHW/SR-B, MHW/N18/15-4-2014, MHW/N18/14-4-2014, MWH/N1/15-4-2014 and MHW/NF/2014). Firstly, the samples dan isolates were made into suspension, then the suspension were extracted to obtain RNA using Extraction RNA kit from GeneAid and then perform the RT-PCR using RT-PCR kit Invitrogen with the forward primer (5´-GTCTACACCATAACTGCCGCAGATGAT-3´) and reverse primer (5´-GGCTACTAGTGTGACGGGGCGGAGGGCACC-3´) that will amplify VP2 gene of IBD virus and giving product of 440 bp. The results of RTPCR were read using 1.5% agarose gel electrophoresis. The results of thus research showed two isolates (MHW/Yanti/Layer/2011 isolate and MHW/Bro/2012 isolate) were positive infected by IBDV while six samples were negative (MHW/SR-A, MHW/SR-B, MHW/N18/15-4-2014, MHW/N18/14-4-2014, MWH/N1/15-4-2014 and MHW/NF/2014). Positive results on agarose gel electrophoresis was showed by giving product of 440bp.

Kata Kunci : Bursa fabrisius, Infectious Bursal Disease, RT-PCR, VP2