ANALISIS SEKUEN NUKLEOTIDA FRAGMEN 12S RIBOSOMAL MITOKONDRIAL DEOKSIRIBONUKLEOTIDA (MT-12S RDNA) YANG BERASAL DARI DAGING BABI DAN SAPI

RAHMAWATI, Irhamna Putri , Sidna Artanto

2014 | Skripsi |

Babi (Sus scrofa) dan sapi (Bos) merupakan hewan ternak yang sangat banyak dikembangbiakkan dengan tujuan utama sebagai penghasil daging. Permintaan terhadap pemenuhan kebutuhan protein asal daging semakin meningkat seiring dengan pertumbuhan ekonomi masyarakat. Namun demikian, tingginya permintaan terhadap daging khususnya daging sapi tidak seimbang dengan peningkatan produksi yang ada. Hal ini menyebabkan kasus pemalsuan dan pencampuran daging babi yang memiliki kemiripan fisik dengan daging sapi kian marak terjadi. Di era modern ini masyarakat menuntut segala informasi disajikan secara detail dan mendalam, salah satunya dengan metode molekuler dan analisis genetik. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis genom babi dan sapi lokal yang beredar di kalangan masyarakat dengan sekuen nukleotida fragmen 12S ribosomal mitokondrial DNA (mt-12S rDNA). Amplifikasi fragmen mt-12S rDNA babi dan sapi dengan metode polymerase chain reaction (PCR) menggunakan hasil isolasi DNA sebagai cetakan, primer forward dan reverse mt-12S rDNA. Reaksi amplifikasi menghasilkan amplikon sepanjang 456 bp. Amplikon disekuen dengan metode Sanger. Hasil sekuensing yang diperoleh dianalisis dengan program BLASTn dan MEGA versi 5.2.2. dan dibandingkan dengan sekuen babi dan sapi pada GenBank. Hasil analisis menunjukkan terdapat perbedaan nukleotida antara babi dan sapi hasil penelitian sebanyak 51 situs. Berdasarkan jarak genetik, babi dan sapi hasil penelitian memiliki kesamaan dengan babi dan sapi pada GenBank. Berdasarkan pohon filogeni yang dianalisis menggunakan metode neighbor-joining dengan bootstrap 1000x, babi hasil penelitian memiliki kedekatan dengan babi kelas Asia, sedangkan sapi hasil penelitian termasuk dalam kelompok Bos taurus. Dari penelitian ini juga telah ditemukan penanda genetik untuk babi dan sapi pada fragmen mt-12S rDNA.

Pig and cattle are the livestock which being breeded for the meat production. Demand towards the needs of meat protein are increasing together with the growth of society. However, the high demand towards meat especially beef is imbalance with the increasing of the product. This leads to cases of forgery and pork adulteration which has a similar physical characteristic with beef. In this modern era, all information should be presented in detail. Study of molecular method and genetic analysis is one of the best way to present the detail information. This research aims to analyze the genome of pig and cattle that circulated among local communities using nucleotide sequence of 12S ribosomal mitochondrial DNA (mt-12S rDNA). Amplification of mt-12S rDNA fragment by PCR technique used the DNA isolation result as a template, forward and reverse primer of mt-12S rDNA fragment. The amplification produced 456 bp of amplicon. The amplicon then was sequenced using Sanger method. The result of mt-12S rDNA sequences were analyzed using BLAST and MEGA version 5.2.2. program and were compared to pig and cattle mt- 12S rDNA sequence from GenBank database. The analysis showed there were 51 sites of difference between pig and cattle nucleotide sequences. Based on genetic distance analysis, there was similiarity between pig and cattle in this research and pig and cattle from GenBank database. Based on phylogeny tree which was analyzed using neighbor-joining method with bootstrap 1000x, pig has close relative to Asian class and cattle has close relative to Bos taurus. This research also resulted genetic markers for the mt-12S rDNA fragment of pig and cattle.

Kata Kunci : pig, cattle, amplification, genetic marker, sequence, mt-12S rDNA