KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1) PADA Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum DAN Tarsius dianae

ISTIQOMAH, , Rini Widayanti

2014 | Skripsi |

Indonesia memiliki keragaman flora dan fauna yang cukup bervariasi. Salah satu jenis fauna yang beragam di Indonesia adalah primata. Banyak dari spesies primata di Indonesia terancam punah karena ancaman perburuan liar dan pembukaan lahan yang merusak habitatnya. Salah satu satwa yang terancam punah adalah Tarsius atau sering disebut monyet hantu. Oleh karena itu, diperlukan usaha konservasi untuk menjaga kelestarian Tarsius. Usaha yang dilakukan untuk membedakan spesies Tarsius sehingga diketahui asalnya adalah dengan eksplorasi molekular. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengkaji keragaman genetik pada Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae berdasarkan sekuen penyusun gen penyandi Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1). Penelitian ini menggunakan DNA Tarsius yang diisolasi dari jaringan otot Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae. Amplifikasi segmen gen ND1 dengan metode PCR dengan primer ND1 Forward dan primer ND1 Reverse. Reaksi ini menghasilkan amplikon sepanjang 1278 bp dan pada penjajaran berganda menghasilkan sekuen nukleotida gen ND1 sepanjang 957 nt. Hasil sekuensing gen ND1 yang diperoleh selanjutnya dibandingkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank dan dianalisis dengan program MEGA versi 5.10. Hasil analisis diperoleh 4 situs nukeotida dan 2 situs asam amino yang bisa menjadi penanda genetik antara Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae. Jarak genetik rata-rata Tarsius sp. berdasarkan sekuen nukleotida gen ND1 dengan menggunakan Kimura 2-parameter adalah 15,5%. Filogram menggunakan metode Neighbor Joining dengan nilai bootstrap 1000 kali dapat membedakan cabang antara Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae.

Indonesia has a diversity of flora and fauna that is quite varieble. One of the fauna in Indonesia is primate. Many primate species in Indonesia is endengered because of illegal hunting and industrial activities that caused habitat destruction. One of the endangered species is commonly known as Tarsier monkey. Therefore, conservation efforts are needed to preserve the Tarsier. Molecular exploration is one of the efforts to differentiate Tarsius. The purpose of this research is to analyze the genetic diversity in Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae based on the encoding gene sequence of NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1). This research was using Tarsier DNA isolated from the muscle tissue of Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae. Amplification of ND1 gene by PCR method with ND1 Forward primer and ND1 Reverse primer. This reaction produces amplicon 1278 bp and by multiple alignment showed a nucleotide sequences of ND1 encoding gene with 957 nt in length. The result of sequenced ND1 gene was compared to the other primates from Genbank and be analyzed with the program MEGA version 5.10. The results of the analysis acquired 4 nucleotide sites and 2 amino acid sites that could be used as genetic markers between Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae. The average genetic distance of Tarsier based on the nucleotide sequences of ND1 coding gene which was analyzed using Kimura 2-parameter was 15,5%. Filogram using Neighbor Joining method with bootstrap values of 1000 times could differentiate Tarsius bancanus bancanus, Tarsius spectrum and Tarsius dianae.

Kata Kunci : Tarsius sp., ND1 gene, nucleotide, DNA sequence