KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1) PADA Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum DAN Tarsius dianae

BUDIARIATI, Vista , Rini Widayanti

2014 | Skripsi |

Indonesia dikenal sebagai megacenter of biodiversity. Ribuan jenis satwa mendiami wilayah negara ini. Salah satu satwa endemik tersebut adalah Tarsius. Primata terkecil di dunia ini merupakan salah satu kekayaan yang dimiliki Indonesia, namun keberadaan dan kelangsungan hidup Tarsius sp. mulai terancam. Era globalisasi dan modernisasi menuntut segala informasi yang paling rinci dan mendalam salah satunya dengan kajian tingkat molekuler dan analisis genetik. Tujuan utama penelitian ini adalah untuk mempelajari keragaman genetik pada Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum, dan Tarsius dianae berdasarkan sekuen gen penyandi NADH dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1). Amplifikasi segmen gen ND1 dengan metode PCR menggunakan hasil isolasi DNA untuk cetakan, primer ND1 Forward dan primer ND1 Reverse. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 957 bp. Hasil sekuensing gen ND1 yang diperoleh selanjutnya dianalisis dan dibandingkan dengan primata lain berdasarkan sumber data dari Genbank. Hasil analisis dengan program MEGA versi 5.2.2 diperoleh variasi perbedaan nukleotida dan asam amino antara sampel Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum, dan Tarsius dianae. Rata-rata jarak genetik berdasarkan sekuen nukleotida gen ND1 yang dihitung menggunakan Kimura 2-parameter sebesar 13 %. Tarsius sp. masuk dalam subordo Strepsirrhini berdasarkan filogram menggunakan metode Neighbor Joining menggunakan runutan sekuen nukleotida dan asam amino gen ND1 dengan nilai bootstrap 1000 kali.

Indonesia is known as megacenter of biodiversity. Thousands of species inhabit in this country region. One of the endemic species is the Tarsier. This world's smallest primate is one of the wealth of this nation but the existence and survival of Tarsius sp. is threatened. The era of globalization and modernization demanded all the most detailed information and in-depth study including molecular and DNA analysis. The main objective of this research is to analyze the genetic diversity Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum, and Tarsius dianae based on sequences of NADH dehydrogenase sub-unit 1 (ND1) encoding gene. Amplification of ND1 gene by PCR technique used the result of DNA isolation, primer ND1 Forward and primer ND1 reverse. The PCR reaction produced 957 bp DNA. The result of ND1 gene sequences then multiple aligned with other primates based on source data from Genbank. Analized result using MEGA version 5.2.2 showed there were nucleotides and amino acid variation between Tarsius bancanus borneanus, Tarsius spectrum, and Tarsius dianae. Genetic distances based on nucleotide sequence of ND1 genes analyzed using Kimura 2-parameter is 13 %. Tarsius sp. included in suborder Strepsirrhini based on construction of phylogenetic tress used Neighbor-Joining method based on nucleotide sequence and amino acid sequence of ND1 gene with bootstrap values 1000 times.

Kata Kunci : Tarsius sp., PCR, amplifikasi, gen ND1