KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase 1 (ND1) PADA Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus, DAN Tarsius dianae

NEGARA, Khesara Sastrin Prasita , Rini Widayanti

2014 | Skripsi |

Tarsius sp. merupakan salah satu primata endemik Indonesia yang terancam punah. Salah satu usaha untuk menjaga kelestarian Tarsius sp. adalah konservasi. Tarsius bancanus dan Tarsius sp. yang berasal dari Sulawesi secara morfologi sulit dibedakan, sehingga perlu upaya pengkajian dari segi genetik untuk membedakan masing-masing spesies Tarsius. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui keragaman genetik gen penyandi NADH Dehydrogenase 1 (ND1) pada Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus dan Tarsius dianae, serta untuk mengetahui klasifikasi Tarsius sp. berdasarkan gen ND1. Pengambilan sampel dan isolasi T. b. borneanus, T. b. bancanus dan Tarsius dianae. Hasil isolasi diamplifikasi pada segmen gen ND1 dengan metode PCR digunakan primer ND1 Forward dan primer ND1 Reverse. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 1278 bp yang kemudian dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing gen ND1 yang diperoleh (957 bp) selanjutnya dibandingkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank dengan dengan program MEGA versi 5.1. Hasil analisis diperoleh 160 situs nukleotida dan 33 situs asam amino yang berbeda. Jarak genetik berdasarkan sekuen nukleotida gen ND1 yang dihitung menggunakan Kimura 2-parameter ditemukan antara T. b. bancanus dengan T. b. borneanus adalah 0,4%, jarak genetik antara T. b. bancanus dengan T. dianae adalah sebesar 19,8% dan jarak genetik antara T. b. borneanus dengan T. dianae didapatkan sebesar 19,7%. Filogram menggunakan metode Neighbor Joining berdasarkan hasil urutan nukleotida gen ND1 dengan nilai bootstrap 1000 kali pengulangan terdapat keragaman genetik antara T.bancanus dengan T.dianae (asal Sulawesi), tetapi tidak terdapat keragaman genetik antara T.b.bancanus (asal Sumatera) dengan T.b.borneanus (asal Kalimantan). Sekuen gen ND1 dapat digunakan untuk mengklasifikasikan Tarsius ke dalam kelompok subordo Strepsirrhini.

Tarsius sp is one of endemic primate in Indonesia that is threatened. One of the efforts to preserve Tarsius sp is conservation. Tarsius bancanus and Tarsius sp. from Sulawesi morphologically are difficult to differentiate, so they need genetic study. The objective of this research is to know the genetic diversity in Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus dan Tarsius dianae and their classification based on NADH dehydrogenase 1 (ND1) encoding gene. Sampling and DNA isolation of T. b. borneanus, T. b. bancanus and Tarsius dianae. Amplification of ND1 gene by PCR technique with forward ND1 primer and reverse ND1 primer. The product of PCR is 1278 bp DNA segments which then were processed by sequencing. The result of ND1 gene sequences (957 bp) were then been multiple aligned with other primates which were taken from Genbank using MEGA version 5.1. The result of analysis showed that there were 160 sites of different nucleotides and 33 sites of different amino acids. Genetic distances based on nucleotide sequence of ND1 gene were analyzed using Kimura 2-parameter. The genetic distances between T. b. bancanus and T. b. borneanus is 0,4%, between T. b. bancanus and T. dianae is 19,8% and between T. b. borneanus and T. dianae is 19,7%. Neighbor-Joining method was used to construct the phylogenetic trees based on nucleotide sequence and amino acid sequence of ND1 gene with bootstrap 1000 times. Based on the phylogenetic trees there is genetic diversity between T. bancanus and T. dianae (from Sulawesi), but there is no genetic diversity between T. b. bancanus (from Sumatera) and T. b. borneanus (from Kalimantan). NADH dehydrogenase 1 gene sequence could be used to classify Tarsius in subordo Strepsirrhini.

Kata Kunci : Tarsius sp., gen ND1, nukleotida, sekuen DNA