KAJIAN KERAGAMAN GENETIK GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1) PADA Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus DAN Tarsius spectrum

HARDIAN, Andreas Bandang , Rini Widayanti

2014 | Skripsi |

Tarsius adalah salah satu monyet terkecil di dunia yang hidup di kawasan Asia Tenggara. Identifikasi secara fisik dilakukan dengan mengamati perbedaan corak, warna, ukuran tubuh, habitat, dan vokalisasi. Pola sebarannya yang rumit menyebabkan spesies dan subspesies tarsius sulit dibedakan satu dengan yang lainnya. Untuk itu, perlu dilakukan kajian secara genetik untuk menentukan spesies tarsius. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengkaji keragaman genetik spesifik Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus, dan Tarsius spectrum berdasarkan sekuen gen penyandi NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1). Penelitian menggunakan DNA tarsius yang diisolasi dari otot Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus, dan Tarsius spectrum. Amplifikasi PCR dengan primer ND1 Forward dan primer ND1 Reverse menghasilkan amplikon sepanjang 1278 bp. Pengolahan data menggunakan program MEGA 5.1 Beta 4 dan penjajaran berganda dengan program Clustal W menghasilkan sekuen nukelotida gen ND1 sepanjang 957 nt. Hasil sekuensing gen ND1 yang diperoleh selanjutnya dibandingkan dengan primata lain yang diambil dari Genbank. Hasil analisis sekuen menunjukkan 164 situs nukleotida dan 28 situs asam amino yang bisa menjadi penanda genetik antara Tarsius bancanus dan Tarsius spectrum. Jarak genetik rata-rata Tarsius sp. berdasar sekuen nukleotida gen ND1 dengan menggunakan Kimura 2-parameter. adalah 11,5%. Konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor joining dengan nilai bootstrap 1000 kali dapat membedakan antara Tarsius bancanus dan Tarsius spectrum, tetapi tidak dapat membedakan antara Tarsius bancanus borneanus dan Tarsius bancanus bancanus.

Tarsier is one of the smallest monkeys in the world that lives in Southeast Asia. Identification based on physical appearance was done by analyzing the differences on the hair colour and pattern, size, habitat, and vocalization. Its complex distribution pattern makes these species and subspecies difficult to be distinguished. Because of that, a research to determine the species of tarsier is necessary to conduct. The purpose of this research is to analyze the specific genetic diversity between Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus, and Tarsius spectrum based on the encoding gene sequence of NADH Dehydrogenase Sub-unit 1 (ND1). This research employed tarsiers DNA isolated from the muscles of Tarsius bancanus borneanus, Tarsius bancanus bancanus, and Tarsius spectrum. PCR amplification with ND1 Forward primer and ND1 Reverse primer resulted in (produced/showed) amplicon with 1278 bp in length. Besides, the data analysis using MEGA 5.1 Beta 4 and multiple alignment using Clustal W showed a nucleotide sequence of ND1 encoding gene with 957 nt in length. The resulted sequenced gene of ND1 was compared to other primates from Genbank. The result showed that 164 sites of nucleotide and 28 sites of amino acid can be used as the genetic markers between Tarsius bancanus and Tarsius spectrum. The average genetic distance of tarsier based on the nucleotide sequence of ND1 coding gene analyzed using Kimura 2-parameter was 11,5%. Phylogenetic tree constructed using Neighbour joining method with bootstrap value of 1000 times could differentiate Tarsius bancanus and Tarsius spectrum, but it could not differentiate between Tarsius bancanus borneanus and Tarsius bancanus bancanus.

Kata Kunci : Tarsius sp., gen ND1, nukleotida, sekuen DNA