ANALISIS GENETIK MOLEKULAR Trichomonas gallinae PADA BURUNG MERPATI DI YOGYAKARTA BERDASARKAN SEKUEN DNA RIBOSOMAL (rDNA) REGIO ITS1, 5,8S, DAN ITS2

AISAH, Rahma Hani, Ana Sahara

2013 | Skripsi |

Trichomonosis merupakan penyakit parasit yang disebabkan oleh protozoa Trichomonas gallinae yang berpredileksi di saluran pencernaan anterior burung merpati. Analisis genetik diperlukan untuk mengetahui adanya keragaman berdasarkan letak geografis menggunakan sekuen DNA ribosomal (rDNA). Pada penelitian ini akan diidentifikasi Trichomonas gallinae berdasarkan sekuen rDNA dengan metode sekuensing DNA untuk menganalisis keragaman genetik berdasarkan variasi susunan materi genetik organisme. Sampel yang digunakan adalah lendir dari esofagus burung merpati di Yogyakarta yang telah teruji positif melalui pemeriksaan mikroskopik. Isolasi DNA dilakukan menggunakan Genomic® DNA Mini Kit (Tissue) GT 100. Sampel DNA kemudian diamplifikasi dengan primer TRI_1F dan TRI_1R dengan kondisi PCR pre-denaturasi 94°C selama 3 menit, denaturasi 94ºC selama 30 detik, annealing 52ºC selama 45 detik, ekstensi 72 ºC selama 1 menit, dan ekstensi final 72 ºC selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Sampel kemudian dilakukan sekuensing di Macrogen, Inc Korea Selatan. Analisis data dilakukan dengan Molecular Evolutionary Genetic Analysis (MEGA) versi 5.1. Pohon filogenetik dianalisis dengan metode Neighbor-Joining dan nilai bootstrap 1000. Produk PCR yang dihasilkan berukuran 351 bp. Sampel T. gallinae memiliki kekerabatan yang lebih dekat dengan T. gallinae isolat Colorado dan Spanyol A dari Genbank yang ditunjukkan dengan jarak genetik sebesar 0-0,3%.

Trichomonosis is a parasitic diasease caused by Trichomonas gallinae that inhabit anterior digestive tract of columbids. Genetic analysis is needed to determine whether isolates differed genetically depending on geographical location using ribosomal DNA (rDNA) sequences. The aim of this research is to identify T. gallinae based on rDNA sequences by DNA sequencing to analyze the phylogenetic relationships. The DNA sample were isolated from esophageal mucus of pigeon in Yogyakarta. Amplification of rDNA by PCR technique used TRI_1F and TRI_1R primers under condition of pre-denaturation 94°C for 3 min, denaturation 94ºC for 30 s, annealing 52ºC for 45 s, extension 72 ºC for 1 min, and final extension 72 ºC for 5 min at 35 cycles. The PCR reaction produced 351 bp DNA segment which has followed by sequencing. Then result of rDNA segment sequences would be treated in multiple alignment with other protozoas taken from Genbank and then analyzed using MEGA5.1 Result of this research showed that the sample has closer relationship with isolate Colorado and Spain A from Genbank indicated by genetic distance of 0- 0,3%.

Kata Kunci : Trichomonas gallinae, DNA ribosom, Polymerase Chain Reaction (PCR), nukleotida, sekuensing