Analisis Genetik Molekuler Kuda (Equus caballus) Lokal Pulau Bima Berdasarkan Sekuan D-loop

PANGKAR, Nike Wenni Br., Yuriadi

2012 | Skripsi |

Kuda (Equus caballus) Bima merupakan kuda lokal asli Indonesia yang saat ini populasinya semakin sedikit. Sehubungan dengan hal tersebut perlu dilakukan tindakan konservasi secara in-situ maupun ex-situ. Informasi mengenai karakteristik setiap spesies kuda diharapkan dapat membantu usaha konservasi. Salah satu cara untuk mengetahuinya adalah dengan eksplorasi molekular. Tujuan penelitian ini adalah untuk menganalisa hubungan kekerabatan antar Kuda Bima terhadap Equus caballus berdasarkan sekuen penyusun gen bukan penyandi di Displacement Loop (D-loop). Amplifikasi segmen D-loop dengan metode PCR menggunakan hasil isolasi DNA sebagai cetakan, primer D-loop Forwad dan primer D-loop Reverse. Kondisi PCR predenaturasi 94°C selama 5 menit, denaturasi 94°C selama 30 detik, annealling 56°C selama 30 detik, elongasi 72°C selama 45 detik dan post-elongasi 72°C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Reaksi PCR menghasilkan produk sepanjang 510 bp, yang kemudian dilanjutkan dengan sekuensing. Hasil sekuensing D-loop selanjutnya dibandingkan dengan kuda lain yang diambil dari Genbank dan selanjutnya dianalisa menggunakan Mega versi 5.05. Hasil analisa dengan program MEGA versi 5.05 diperoleh 14 situs nukleotida yang berbeda. Jarak genetik berdasarkan sekuen nukleotida D-loop yang dihitung menggunakan Kimura 2-parameter dihasilkan nilai sebesar 0,057 (5,7%). Filogram menggunakan metode Neighbor-Joining berdasar hasil urutan nukleotida D-loop dengan nilai bootstrap 1000 kali belum dapat digunakan untuk membandingkan kekerabatan kuda Bima dengan Equus sp. Kata kunci : Equus caballus, DNA, D-loop, PCR, sekuen DNA

Bima Horse (Equus caballus) is Indonesia’s local horse that which population slowly getting fewer. Because of that, in-situ or ex-situ conservation really need to be form. Information about the characteristic of each horse species was hoped to help the conservation. One of way to know is to analyze the relationship between Bima Horse and Equus caballus based on the sequence that compose the gen, non coding region the Displacement Loop (D-Loop). D-Loop segmen was amplificated with PCR method, using the result of DNA isolation as the basis, primer ECOLOOP Forward and primer ECOLOOP Reverse. PCR condition in predenaturation 94°C for 5 minutes, denaturation 94°C for 30 seconds, annealing 56°C for 30 seconds, elongation 72°C for 45 seconds and post-elongation 72°C for 5 minutes for 35 cycles. The PCR reaction result a product with 383 bp length, then continued with sequenced. The result of D-loop sequences was compared with another horse that got from Genbank to be analyzed using Mega version 5.05. The analysis with MEGA 5.05 version showed 14 different nucleotide sites. Genetic distance based on D-loop nucleotide sequences counted using Kimura 2-parameter, resulted 0,057 (5,7%) value. Filogramed using Neighbor Joining method based on nucleotide sequences of D-loop with bootsrap value 1000 times, can’t be used to compared the relationship between Bima horse and Equus sp. Keywords: Equus caballus, DNA, D-loop, PCR, sequence of DNA

Kata Kunci : Equus caballus, DNA, D-loop, PCR, sekuen DNA