Kajian Keragaman Genetik Gen Penyandi Adenosine Triphosphate Sub-unit 8 (ATP8) pada Tarsius bancanus, Tarsius spectrum dan Tarsius dianae

NUHA, Azharuddin Fathin, Rini Widayanti

2012 | Skripsi |

Tarsius merupakan salah satu primata asli Indonesia yang masuk dalam kategori vulnerable seperti yang dinyatakan oleh International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). Upaya konservasi in-situ dan ex-situ pada satwa ini akan lebih optimal apabila keragaman genetiknya diketahui dengan pasti. Tujuan utama penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik gen penyandi ATP8 pada T. bancanus asal Kalimantan, T. spectrum dan T. dianae asal Sulawesi. Sampel DNA diisolasi dari jaringan otot T. bancanus asal Kalimantan, T. spectrum dan T. dianae asal Sulawesi. Amplifikasi gen ATP8 dengan metode PCR menggunakan primer ATP8 Forward dan ATP8 Reverse pada kondisi predenaturasi 94°C selama 5 menit, denaturasi 94°C selama 30 detik, annealing 52°C selama 45 detik, elongasi 72°C selama 45 detik dan post-elongasi 72°C selama 5 menit sebanyak 35 siklus. Produk PCR sepanjang 204 bp kemudian disekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan berganda dengan primata lain yang datanya diambil dari Genbank dan selanjutnya dianalisa menggunakan Mega versi 5.0. Hasil analisa diperoleh adanya keragaman nukeotida dan asam amino. Sebanyak 33 situs nukeotida dan 12 situs asam amino dapat dijadikan sebagai penanda genetik antara T. bancanus asal Kalimantan dengan T. spectrum dan T. dianae asal Sulawesi. Jarak genetik rata-rata berdasarkan sekuen nukleotida gen ATP8 adalah 18%. Konstruksi pohon filogenik dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dengan T. spectrum dan T. dianae asal Sulawesi, tetapi tidak dapat membedakan T. spectrum dengan T. dianae. Kata kunci : Tarsius bancanus, T. spectrum, T. dianae, ATP8, sekuen DNA

Tarsius is one of Indonesian endemic species which are “vulnerable” as reported by the International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). In-situ and ex-situ conservation of this species would yield better results when it’s genetic information and diversity determined. The main objective of this research is to analyze the genetic diversity study on ATP8 encoding gene in Tarsius bancanus from Kalimantan, T. spectrum and T. dianae from Sulawesi. The DNA samples were isolated from muscle tissues of Tarsius bancanus from Kalimantan, T. spectrum and T. dianae from Sulawesi. Amplification of ATP8 gene by PCR methode used primer ATP8 Forward and ATP8 Reverse under condition of predenaturation 94°C for 5 minutes, denaturation 94°C for 30 seconds, annealing 52°C for 45 seconds, elongation 72°C for 45 seconds and post-elongation 72°C for 5 minutes for 35 cycles produced 204 bp DNA segment wich has followed by sequencing.. Result of ATP8 segment sequences would be treated in multiple aligment with other primates were taken from the Genbank and then analyzed using Mega version 5.0. Result of this research showed 33 different sites of nucleotides and 12 different sites of amino acid, that can be genetic marker between T. bancanus from Kalimantan, T. spectrum and T. dianae from Sulawesi. Average genetic distances based on nucleotide sequence of ATP8 genes was 18%. Construction of phylogenetic trees was able to distinguish between T. bancanus from Kalimantan, T. spectrum dan T. dianae from Sulawesi, but unable to distinguish between T. spectrum with T. dianae Kata kunci : Tarsius bancanus, T. spectrum, T. dianae, ATP8, sekuen DNA

Kata Kunci : Tarsius bancanus, T. spectrum, T. dianae, ATP8, sekuen DNA