Deteksi Virus Dengue Serotipe 1 dari Nyamuk Aedes albopticus dengan Metode One Step Multiplex RT-PCR.

PRAMONO, Ignatius Pradipta Bayu , Aris Haryanto

2012 | Skripsi |

Virus Dengue adalah penyebab penyakit demam dengue (DD) dan demam berdarah dengue (DBD), ditularkan melalui gigitan nyamuk Aedes aegypti dan Aedes albopictus. Penyakit ini masih merupakan masalah kesehatan yang serius di banyak daerah tropis dan subtropis di dunia.Virus dengue termasuk kelompok arthropod borne virus (arbovirus), genus Flavivirus, famili Flaviviridae, dan sampai saat ini virus Dengue berdasarkan perbedaan antigennya dibagi menjadi 4 serotipe yaitu : DEN-1, DEN-2, DEN-3 dan DEN-4. Penelitian ini bertujuan untuk konfirmasi virus Dengue serotipe DEN-1 secara molekuler dengan teknik Reverse Transcriptase- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Sampel virus Dengue yang digunakan dalam penelitian ini diperoleh dari isolat virus yang sudah diisolasi RNA dari Fakultas Kedokteran Universitas Gadjah Mada. Lalu Isolat diamplifikasi gennya dengan menggunakan metode RT-PCR. Untuk mengkopi gen digunakan primer Harris Forward dan Harris Reverse. Kondisi mesin PCR yang digunakan untuk amplifikasi fragmen RNA adalah RT pada suhu 42oC selama 60 menit, dilanjutkan ke kondisi denaturasi 94oC selama 30 detik, annealing atau proses penempelan primer pada suhu 55oC selama 1 menit, elongasi atau proses pemanjangan pada suhu 72oC selama 2 menit dan post elongation yaitu fase untuk memastikan pemanjangan sempurna pada suhu 72oC selama 5 menit. Reaksi dilakukan sebanyak 30 siklus. Analisa sequencingdengan mengunakan progam MEGA versi 5.05 didapatkan produk sampel uji teramplifikasi sebesar 482 bp mulai dari situs ke-133sampai ke- 615. Bedasarkan sekuen, nukleotida sampel uji tertempel pada daerahAnchored Capsid Protein – Membrane Glycoprotein. Kata kunci : Virus Dengue, Serotipe-1, Multiplex RT-PCR

Dengue virus is the cause of the disease dengue fever (DD) and dengue hemorrhagic fever (DHF), is transmitted through the bite of Aedes aegypti and Aedes albopictus. The disease is still a serious health problem in many tropical and subtropical regions, including the dengue dunia.Virus arthropod borne viruses (arboviruses), genus Flavivirus, family Flaviviridae, and to date Dengue virus based on antigenic differences are divided into four serotypes: DEN -1, DEN-2, DEN-3 and DEN-4. This study aims to confirm dengue virus serotypes DEN-1 by molecular techniques Reverse Transcriptase - Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Dengue virus samples used in this study were obtained from virus isolates that have been isolated RNA from the Faculty of Medicine, University of Gadjah Mada. Then isolate its gene was amplified using RT-PCR method. To copy gene used primer Harris and Harris Forward Reverse. PCR machine conditions used for amplification of RNA fragments were RT at a temperature of 42oC for 60 minutes, proceed to the denaturation condition 94oC for 30 sec, annealing or annealing process at a temperature of 55oC for 1 minute, elongation or the elongation process at a temperature of 72oC for 2 minutes and post the elongation phase to ensure complete elongation at a temperature of 72oC for 5 minutes. Reactions were performed by 30 cycles. Sequencing analysis using the program MEGA 5:05 version of the test sample is obtained amplified products of 482 bp from the site-133 to-615. Based on the sequence, nucleotide test sample is affixed to the capsid Anchored Protein - Membrane Glycoprotein. Keywords :Dengue Virus, Serotype-1, Multiplex RT-PCR

Kata Kunci : Virus Dengue, Serotipe-1, Multiplex RT-PCR