Kajian Keragaman Genetik Gen Penyandi Adenosine Triphosphatase Sub-unit 8 (ATP8) pada Tarsius bancanus Asal Kalimantan dan Sumatera

WIDIYATMOKO, Tri, Rini Widayanti

2012 | Skripsi |

Tarsius bancanus merupakan salah satu primata endemik Indonesia yang masuk dalam kategori vulnerable seperti yang dinyatakan oleh International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). Upaya konservasi insitu dan exitu pada satwa ini akan lebih optimal apabila keragaman genetiknya diketahui dengan pasti. Tujuan utama penelitian ini adalah mempelajari keragaman genetik gen penyandi ATP8 pada T. bancanus asal Kalimantan dan Sumatera. Sampel DNA diisolasi dari jaringan otot T. bancanus asal Sintang, Kalimantan Barat dan Lampung, Sumatera Selatan. Amplifikasi segmen gen ATP8 dengan metode PCR menggunakan primer ATP8 Forward dan ATP8 Reverse pada kondisi predenaturasi 94°C selama 5 menit, denaturasi 94°C selama 30 detik, annealing 52°C selama 45 detik, elongasi 72°C selama 45 detik dan post-elongasi 72°C selama 5 menit sebanyak 35 siklus menghasilkan produk sepanjang 204 bp yang kemudian disekuensing. Hasil sekuensing disejajarkan berganda dengan primata lain yang datanya diambil dari Genbank dan selanjutnya dianalisa menggunakan Mega versi 5. Hasil analisa diperoleh adanya perbedaan nukeotida pada situs ke-78 yang dapat dijadikan sebagai penanda genetik antara T. bancanus asal Kalimantan Sumatera. Jarak genetik berdasar sekuen nukleotida gen ATP8 yang dianalisis menggunakan Kimura 2-parameter ditemukan nilai paling kecil 0%, nilai paling besar 18,1% dan rata-rata 5,8%. Konstruksi pohon filogenik menggunakan metode Neighbour Joining dengan nilai bootstrap 1000 kali tidak dapat membedakan antara T. bancanus asal Kalimantan dan Sumatera secara spesifik. Kata kunci : Tarsius bancanus, ATP8, sekuen DNA

Tarsius is one of Indonesian endemic primates species which are “vulnerable” as reported by the International Union for Conservation Nature and Natural Resources (IUCN). In-situ and ex-situ conservation of this species would yield better results when it’s genetic information and diversity determined. The main objective of this is to analyze the genetic diversity study on ATP8 encoding gene in Tarsius bancanus from Borneo and Sumatera. The DNA samples were isolated from muscle tissues of Tarsius bancanus from Sintang, West Borneo and Lampung, South Sumatera. Amplification of ATP8 gene by PCR methode used primer ATP8 Forward and ATP8 Reverse under condition of predenaturation 94°C for 5 minutes, denaturation 94°C for 30 seconds, annealing 52°C for 45 seconds, elongation 72°C for 45 seconds and post-elongation 72°C for 5 minutes for 35 cycles produced 204 bp DNA segment wich has followed by sequencing.. Result of ATP8 segment sequences would be treated in multiple aligment with other primates were taken from the Genbank and then analyzed using Mega version 5. Result of this research showed different sites of nucleotides on number 78 that can be genetic marker between T. bancanus from Borneo and Sumatera. Genetic distances based on nucleotide sequence of ATP8 genes analyzed using Kimura 2-parameter found the smallest value was 0%, the greatest value was 18,1% and an average was 5,8%. Construction of phylogenetic trees used Neighbour Joining method with bootstrap value 1000 times was unable to distinguish between T. bancanus from Borneo dan Sumatera specificly. Kata kunci : Tarsius bancanus., ATP8, sequen DNA

Kata Kunci : Tarsius bancanus, ATP8, sekuen DNA