Profil Morfologis dan Fisiologis, serta Analisis Genetik Kuda (Equus caballus) Lokal Indonesia Berdasarkan Sekuen Gen Cytochrome B dan D-loop Mitokondria

YURIADI, Charles Rangga Tabbu

2012 | Disertasi |

Kuda (Equus caballus) lokal Indonesia dikenal dengan nama-nama daerah di Indonesia, yaitu: kuda Makasar, kuda Gorontalo (Minahasa), kuda Sumba, kuda Sumbawa, kuda Bima, kuda Flores, kuda Savoe, kuda Roti, kuda Timor, kuda Sumatra, kuda Jawa, kuda Bali, kuda Lombok, dan kuda Kuningan. Dewasa ini kuda lokal asli Indonesia terancam kepunahan, sehingga perlu upaya konservasi secara in situ dan ex situ dengan melakukan kajian secara morfologis, fisiologis, dan genetik molekuler. Tujuan penelitian ini adalah mengkaji profil morfologis dan fisiologis, serta penanda genetik kuda lokal Indonesia menggunakan gen penyandi cytochrome b dan daerah bukan pengkode protein (D-loop) mitokondria. Sampel kuda dan darah kuda penelitian adalah kuda Batak, Sumatra Barat, Priangan, Kedu, Tengger, Lombok, Bima, Sumba, dan Minahasa. Sebagai pembanding adalah kuda silang dan kuda Thoroughbred di Indonesia. Sampel darah yang diperoleh, diproses untuk isolasi DNA dan analisis genetik. Amplikon atau produk PCR dimurnikan dengan kolom kromatografi, dilanjutkan sekuensing untuk penentuan sekuen DNAnya. Primer untuk cytochrome b adalah CYTBECF (5’CCA GCC-CCC-TCA-ACC-ATT-TCA-TGA-TGA AA’3) dan CYTBECR (S’ACT-GTT-GCT-CCT-CAA-AAG GAT ATT TGG CCT CA’3). Primer untuk daerah bukan pengkode protein (D-loop) ECLOOPF 5’- CGCACATTACCCTGGTCTTG-3’ dan ECLOOPR 5’- GAACCAGATGCCAGGTATG-3’ Potensi sequence DNA cytochrome b dan Dloop mitokondria kuda dibuktikan dengan menganalisis diversitas genetik antar jenis kuda menggunakan program MEGA versi 4.1. Hasil penelitian menunjukkan, bahwa kuda lokal Indonesia terbagi menjadi dua kelompok kekerabatan yang berbeda, dan didukung oleh profil morfologis dan fisiologis, serta analisis genetik molekuler berdasarkan sekuen Dloop mitokondria. Kelompok pertama terdiri dari kuda Kedu, Tengger, Lombok, Priangan, Batak, Bima, dan Sumba yang memiliki hubungan kekerabatan dengan kuda Przewalski. Kelompok kedua terdiri dari kuda Sumbar dan Manado yang memiliki hubungan kekerabatan dengan kuda Thoroughbred Nerco, Princes, Costal, dan Sukur. Keragaman genetik dan filogram hasil sekuensing gen cytochrome b (123 asam amino) 371 bp kurang dapat membedakan kekerabatan antar kuda lokal Indonesia dan kuda Thoroughbred Indonesia. Keragaman genetik melalui sekuen D-loop lebih dapat digunakan untuk membedakan interspesies kuda Lokal dan kuda Thoroughbred di Indonesia. Kata kunci : kuda (Equus caballus), profil morfologis dan fisiologis, analisis genetik, cytochrome B, D-loop

Kata Kunci : kuda (Equus caballus), profil morfologis dan fisiologis, analisis genetik, cytochrome B, D-loop