PENENTUAN PATOTIPE VIRUS NEWCASTLE DISEASE (ND) BERDASARKAN GEN PENYANDI PROTEIN FUSION DENGAN METODE REVERSE TRANSCRIPTASE – POLYMERASE CHAIN REACTION - RESTRICTION FRAGMENT LENGTH POLYMORPHISM

Verawati, Aris Haryanto

2015 | Tesis |

Newcastle disease (ND) adalah penyakit infeksius pada unggas yang disebabkan oleh virus dari famili Paramyxoviridae, genus Avulavirus, spesies Avian paramyxovirus serogrup Avian paramyxovirus tipe 1 (APMV-1). Penyakit ini menyebabkan kerugian secara ekonomi yang besar pada peternak. Gejala klinis yang sering dijumpai di lapang adalah gangguan pernapasan, gangguan pencernaan, gangguan saraf, penurunan produksi telur dan berakhir dengan kematian. Meskipun patotipe virus ND dibedakan menjadi velogenik, mesogenik, dan lentogenik, namun gejala klinis yang ditemui seringkali mirip, oleh karena itu pengujian untuk membedakan patotipe virus ND masih sangat dibutuhkan. Patotiping virus ND biasa dilakukan dengan metode DNA sekuensing, namun metode ini mahal, maka pengembangan metode uji patotiping virus ND yang murah, cepat dan akurat harus dikembangkan. Analisa gen dengan metode reverse transcriptase – polymerase chain reaction restriction fragment length polymorphism (RT – PCR RFLP) merupakan salah satu teknik pertama yang secara luas digunakan untuk mendeteksi variasi pada tingkat sekuen DNA. Deteksi RFLP dilakukan dengan membandingkan profil pita- pita yang dihasilkan setelah dilakukan pemotongan oleh enzim restriksi terhadap DNA target. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan patotiping virus ND dengan metode RTPCR RFLP dan membandingkan hasilnya dengan metode konvensional. Sampel yang digunakan pada penelitian ini adalah 10 isolat virus ND koleksi BBVet Wates tahun 2012 sampai 2013. Sampel tersebut diamplifikasi dengan pasangan primer 5’ – TTGATGGCAGGCCTCTTGC -3’ , 5’ – GGAGGATGTTGGCAGCATT 3’. Produk RT-PCR sebesar 363 bp kemudian divisualisasi dengan elektroforesis gel agarose 1,5% pada UV transilluminator. Enzim restriksi Hin-fI digunakan untuk memotong produk RT - PCR kemudian dianalisis pola hasil pemotongannya. Fragmen DNA virus ND virulen akan terpotong menjadi dua bagian dengan besar produk PCR 168 bp dan 195 bp, sedangkan virus ND avirulen akan terpotong menjadi tiga bagian dengan besar produk PCR 21 bp, 86 bp, 109 bp, dan 147 bp. diantara 10 sampel virus ND isolat lapang ditemukan 7 sampel yang merupakan virus ND virulen dan 3 sampel adalah virus ND avirulen.

Newcastle disease (ND) is a highly contagious disease of poultry, caused by Newcastle disease virus (NDV), family member of Paramyxoviridae, genus Avulavirus, spesies Avian paramyxovirus serogrup Avian paramyxovirus type 1 (APMV-1). Because this virus is rapidly evolving, pathotyping of the virus is important to evaluate field change, anticipate new outbreaks, and develop adequate control measures. Usually, pathotyping of NDV was performed by coventional method i.e. isolation of the virus and mean death time (MDT) calculation, but it takes few days. The most modern method for pathotyping is DNA sequensing, but it is high cost, so the cheaper, faster, and acurate method was developed. reverse transcriptase – polymerase chain reaction - restriction fragment length polymorphism (RT – PCR RFLP) is choosen because it is the first tehnique to detect the variation of DNA sequen. This is based on the comparation band profile that made after the DNA was restricted by restriction enzyme on DNA target. The purpose of this eksperiment is to pathotype NDV by RT- PCR RFLP dan compare the result with konvensional test. RT – PCR RFLP method in this research uses 10 samples belongs to BBVet Wates from 2012 until 2013. Those samples were amplified by primer 5’ – TTGATGGCAGGCCTCTTGC -3’ , 5’ – GGAGGATGTTGGCAGCATT 3’and then the PCR product in size of 363 bp was visualized by 1,5% agarose gel in UV Transilluminator. Restriction enzyme that used in this research is Hin-fI. This enzyme was used for pathotyping those viruses by analysing the band profile after restriction. DNA fragment of virulen NDV has 2 parting site with 168 bp and 195 bp of PCR product, and avirulen NDV has 3 parting site with 21 bp, 86 bp, 109 bp, and 147 bp of PCR product. Total number of sampels are 10, 7 sampels were virulent ND and 3 sampels were avirulent ND.

Kata Kunci : NDV, (RT – PCR RFLP), enzyme Hin-fI.