Identifikasi Molekular Laba-Laba Gua (Heteropoda spp.) di Karst Sangkulirang dan Mangkalihat Kalimantan Timur Berdasarkan Gen Mitokondria COI

LUKMAN HAKIM, Dra. Tuty Arisuryanti, M.Sc., Ph.D.

2017 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Karst merupakan salah satu ekosistem yang identik dengan gua dan jenis hewan khas. Laba-laba mempunyai kemampuan hidup dalam lingkungan gua yang gelap. Adaptasi ini mampu mendorong terjadinya perubahan baik genetik, fisiologis, maupun morfologi sehingga berbeda dengan hewan luar gua. Penelitian biologi khususnya karakterisasi genetik laba-laba (Heteropoda spp.) belum banyak dilakukan. Oleh karena itu penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakterisasi genetik laba-laba gua (Heteropoda spp.) dari Karst Sangkulirang dan Mangkalihat, Kalimantan Timur berdasarkan gen mitokondria COI. Penelitian ini digunakan empat sampel laba-laba yang diamplifikasi menggunakan primer LCO1490 sebagai forward dan primer HCO2198 sebagai reverse dan dibandingkan dengan enam sekuen dari GenBank. Hasil BLAST secara online menunjukkan keempat sampel laba-laba memiliki similaritas tertinggi dengan spesies Heteropoda venatoria sebesar 91%. Hasil analisis menggunakan metode Kimura-2-Parameter (K2P) menunjukkan bahwa keempat sampel laba-laba yang diteliti memiliki jarak genetik 0-13%. Analisis filogenetik dengan pendekatan Neighbor-Joining menunjukkan keempat sampel laba-laba yang diteliti terbagi ke dalam dua clade yang berbeda, yakni sampel Heteropoda-1, Heteropoda-3, dan Heteropoda-4 dalam satu clade, sedangkan Heteropoda-2 terletak dalam clade tersendiri. Hasil penelitian ini mengindikasikan adanya dua spesies yang berbeda dari empat sampel yang dikoleksi. Analisis variasi genetik menunjukkan adanya tiga haplotype dari ketiga sekuen gen mitokondria COI yang dianalisis dan 4 variable sites. Hasil penelitian juga menunjukkan nilai keragaman haplotype (Hd) adalah 1,00 kurang lebih 0,272 dan nilai keragaman nukleotida (pi) adalah 0,003 kurang lebih 0,001.

Karst is one of ecosystems that related to caves and unique animals. Spider is one of animals which have abilities to survive in the dark cave environments. These adaptations are able to change their genetic, physiological, and morphological characters, creating distinct forms of the species compared to animals outside. However, study on genetic characterisation of spiders (Heteropoda spp.) is poorly understood. Therefore, the aim of this study was to determine the genetic characterisation of Huntsman spider (Heteropoda spp.) in Sangkulirang and Mangkalihat Karst, East Kalimantan based on a COI mitochondrial gene. This study analyzed COI mt-DNA of four samples of huntsman spiders collected from Sangkulirang and Mangkalihat Karst, East Kalimantan and compared to other six genus Heteropoda COI sequence data taken from GenBank. The four huntsman spider samples were amplified using LCO1490 primer as a forward primer and HCO2198 primer as a reverse primer. Online BLAST result indicated that the four spider samples have 91% similarity to Heteropoda venatoria. Kimura-2-Parameter method showed that the four huntsman spiders investigated in this study have genetic distance between 0 and 13%. Phylogenetic analysis using a Neighbor-Joining method indicated that the four huntsman spider samples separated into two different clades. Samples Heteropoda-1, Heterepoda-3, and Heteropoda-4 were in the one clade while Heteropoda-2 was in another clade. This data indicated that the four Huntsman spiders samples collected was two distinct Heteropoda species. Genetic variation analysis revealed that there were three haplotypes with four variable sites. In additions, the haplotype diversity (Hd) was 1.00 plus minus sign 0.272 and the nucleotide diversity (pi) was 0.003 plus minus sign 0.001.

Kata Kunci : COI mt-DNA, karakterisasi genetik, laba strip laba gua, Heteropoda, Karst