Penapisan dan Identifikasi Bakteri Sebagai Kandidat Biokontrol Vibrio parahaemolyticus, Vibrio fluvialis, DAN Vibrio campbellii

NOVI ROSMALA DEWI, Dr. Ir. Alim Isnansetyo, M.Sc.; Indah Istiqomah, S.Pi., M.Si., Ph.D

2017 | Skripsi | S1 BUDIDAYA PERIKANAN

Penelitian ini bertujuan untuk menemukan bakteri yang potensial sebagai kandidat biokontrol, mengidentifikasi, serta menguji efektivitasnya terhadap serangan penyakit akibat V. parahaemolyticus (VP), V. fluvialis (VF), dan V. campbellii (VC). Total sebanyak 83 bakteri yang bersumber dari koleksi Laboratorium Kesehatan Ikan dan Lingkungan, diskrining kemampuannya melawan VP, VF dan VC. Bakteri uji (105 cfu/ml) dilawankan dengan Vibrio sp. (106 cfu/ml) menggunakan metode double layer agar. Potensi sebagai agen biokontrol ditentukan berdasarkan kemampuan membentuk zona hambat pertumbuhan Vibrio sp. Identifikasi isolat bakteri terpilih dilakukan menggunakan metode biokimia dan molekuler (gen 16S rRNA). Metode ko-kultur dilakukan untuk mengetahui efektivitas perlawanan isolat bakteri CBR 22-B terhadap VP. Pengujian dilakukan dengan 3 perlakuan variasi kepadatan CBR 22-B yaitu 102 cfu/ml, 104cfu/ml, dan 106 cfu/ml dikultur bersama VP dengan kepadatan 105 cfu/ml selama 36 jam menggunakan waterbath shaker kecepatan 80 rpm. Pada jam ke-0, 2, 6, 12, 24, dan 36 dilakukan sampling untuk melihat pertumbuhan kedua bakteri. Hasil penapisan menunjukkan bahwa isolat bakteri CBR 22-B memiliki aktivitas yang paling kuat melawan Vibrio sp. dengan zona hambat sebesar 19,6 mm dan terpilih untuk pengujian lanjut. Hasil identifikasi biokimia yaitu isolat bakteri tersebut memiliki kemiripan 100% dengan sifat-sifat biokimia Pseudoalteromonas sp. Hasil identifikasi molekuler menunjukkan isolat bakteri CBR 22-B diduga memiliki kemiripan dengan nilai identitas strain pembanding pada GenBank yaitu Pseudoalteromonas maricaloris sebesar 99%. Hasil pengujian ko-kultur menunjukkan bahwa bakteri CBR 22-B dapat membunuh VP dalam waktu 12-24 jam setelah inokulasi tergantung dari kepadatan awal inokolum bakteri.

This study aims were to obtain potential bacteria for biocontrol candidates, to identify, and to evaluate the biocontrol effectiveness against V. parahaemolyticus (VP), V. fluvialis (VF), and V. campbellii (VC). A total of 83 bacteria from the collection of Fish and Environmental Health Laboratory were screened for their anti-bacterial activity against VP, VF, and VC. Identification of selected bacterial isolates was carried out by using biochemical and molecular (16S rRNA gene) methods. Co-culture method was done to find out the effectiveness of a bacterial isolate CBR 22-B against VP. The test was performed with 3 treatments of CBR 22-B density variation of 102 cfu/ml, 104 cfu/ml, and 106 cfu/ml co-cultured with VP at 105 cfu/ml for 36 hours. Bacterial density was estimated at 0, 2, 6, 12, 24, and 36 hours after inoculation. The results of screening showed that bacterial isolate, CBR 22-B had the highest activity against Vibrio sp. with a 19.6 mm of inhibit zone. Therefore, this bacterium was selected for further experiment. The result of biochemical identification indicated that this bacterial isolate exhibited 100% similarity with the biochemical properties of Pseudoalteromonas sp. The results of molecular identification showed that bacterial isolate CBR 22-B closely related to Pseudoalteromonas maricaloris strain KMM636 with 99% of similarity. Co-culture result showed that CBR 22-B was able to kill VP within 12-24 hours after inoculation depending on the initial density of CBR 22-B.

Kata Kunci : skrining, biokontrol, V. parahaemolyticus, V. fluvialis, V. campbellii