DETEKSI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER Trypanosoma evansi ISOLAT BREBES, NGAWI, PURBALINGGA, BENGKULU DAN LAMPUNG BERDASARKAN KINETOPLAST DNA

EDI PURWONO, Dr.drh. Wisnu Nurcahyo; Dr.drh. Bambang Sutrisno, M.P.

2017 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Trypanosomiasis (Surra) adalah penyakit parasit yang disebabkan oleh Trypanosoma evansi. Trypanosomiasis ditularkan secara mekanis oleh lalat penghisap darah (Haematophagus flies) seperti Tabanus, Stomoxys dan Haematobia. Kinetoplast merupakan salah satu organela pada Trypanosoma. Kinetoplast menjadi penting karena selain fungsinya sebagai penyandi substrat dalam proses editing RNA, reproduksi dan metabolisme, kinetoplast juga dapat digunakan sebagai acuan untuk deteksi Trypanosoma evansi. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi keberadaan Trypanosoma evansi secara molekuler berdasarkan kinetoplast DNA serta untuk mengidentifikasi variasi genetik antara sampel penelitian (Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu dan Lampung) dengan data di GenBank. Sampel yang digunakan dalam penelitian terdiri dari 1 sampel isolat hidup asal Brebes, 2 sampel isolat koleksi (berupa sampel darah) yang terdiri dari 1 sampel asal Ngawi dan 1 sampel asal Purbalingga serta 2 sampel berupa DNA asal Bengkulu dan Lampung. Deteksi secara molekuler dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer pMUTec 6.258 (5'-TGC AGA CGA CCT GAC GCT ACT-3') dan (5'-CTC CTA GAA GCT TCG GTG TCCT-3') dengan amplifikasi fragmen 227 bp dan selanjutnya dilakukan sekuensing. Hasil sekuensing kemudian dianalisis menggunakan Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) dan dianalisa lebih lanjut menggunakan software Mega 7. Analisis BLAST menunjukkan bahwa sekuen Trypanosoma evansi asal Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu dan Lampung 99 % identik dengan sekuen Trypanosoma evansi di GenBank (Israel dan Palestina). Hasil analisis jarak genetik menunjukkan bahwa jarak genetik antar sampel penelitian berkisar antara (0 sampai 0,4 %). Trypanosoma evansi asal Brebes homolog dengan Trypanosoma evansi asal Purbalingga, Bengkulu dan Lampung sedangkan Trypanosoma evansi asal Ngawi memiliki kekerabatan yang cukup jauh dengan kelompok sampel Trypanosoma evansi lainnya. Konstruksi pohon filogenetik menunjukkan adanya variasi genetik antara Trypanosoma evansi dari kelompok sampel dengan Trypanosoma evansi yang ada di GenBank. Hasil penelitian dapat disimpulkan bahwa Trypanosoma evansi asal Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu dan Lampung dapat dideteksi secara molekuler berdasarkan kinetoplast DNA dan terdapat variasi genetik antara Trypanosoma evansi dari kelompok sampel dengan Trypanosoma evansi dari GenBank.

Trypanosomiasis (Surra) is a parasitic disease caused by Trypanosoma evansi. Trypanosomiasis mechanically transmitted by blood-sucking flies as Tabanus, Stomoxys and Haematobia. Kinetoplast is one of the organelles in Trypanosoma. Kinetoplast is important because in addition to its function as a substrate encoder in the process of RNA editing, reproduction and metabolism, kinetoplast can also be used as a reference for the detection of Trypanosoma evansi. This study aims to detect the existence of Trypanosoma evansi molecularly based on DNA kinetoplast and to identify genetic variation between research samples (Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu and Lampung) with data in GenBank. The sample used in the study consisted of 1 live isolate sample from Brebes, 2 samples of isolate collection (in the form of blood sample) consisting of 1 sample from Ngawi and 1 sample from Purbalingga and 2 samples of DNA from Bengkulu and Lampung. Molecular detection was done by Polymerase Chain Reaction (PCR) method using primer pMUTec 6.258 (5'-TGC AGA CGA CCT GAC GCT ACT-3') and (5'-CTC CTA GAA GCT TCG GTG TCCT-3') with amplification of fragments 227 bp and further sequencing. The sequencing results are then analyzed using the Basic Local Aligment Search Tool (BLAST) and further analyzed using Mega 7 software. The BLAST analysis shows that the Trypanosoma evansi sequence from Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu and Lampung 99 % is identical to the Trypanosoma evansi sequence in GenBank (Israel and Palestine). The results of genetic distance analysis showed that the genetic distance between the research samples ranged from (0 till 0.4 %). Trypanosoma evansi from Brebes homolog with Trypanosoma evansi from Purbalingga, Bengkulu and Lampung while Trypanosoma evansi from Ngawi have kinship far enough with group of Trypanosoma evansi other sample. The construction of phylogenetic trees showed a genetic variation between Trypanosoma evansi of the sample group with Trypanosoma evansi present in GenBank. It can be concluded that the Trypanosoma evansi from Brebes, Ngawi, Purbalingga, Bengkulu and Lampung detectable molecular based kinetoplast DNA and genetic variations between Trypanosoma evansi from a sample group with Trypanosoma evansi from GenBank.

Kata Kunci : BLAST, Kinetoplast DNA, pMUTec 6.258, Surra, Trypanosoma evansi/BLAST, Kinetoplast DNA, pMUTec 6.258, Surra, Trypanosoma evansi