KARAKTERISASI DAN IDENTIFIKASI Colletotrichum spp. PADA BEBERAPA KOMODITAS HORTIKULTURA PASCAPANEN

ADY BAYU PRAKOSO, Ani Widiastuti, S.P., M.P., Ph.D.; Dr. Suryanti, S.P., M.P.; Dr. Ir. Arif Wibowo, M.Agr.Sc

2017 | Skripsi | S1 ILMU HAMA DAN PENYAKIT TUMBUHAN

Komoditas pascapanen merupakan komoditas yang mudah mengalami kerusakan, salah satunya diakibatkan oleh infeksi patogen sejak berada di lahan ataupun ketika komoditas ditangani. Patogen penting yang menyerang komoditas pascapanen adalah Colletotrichum spp. Colletotrichum spp. memiliki keragaman yang luas sehingga dikelompokkan menjadi 9 clade. Kendala karakterisasi terjadi karena adanya infeksi suatu komoditas oleh kompleks Colletotrichum spp. dan morfologi yang sulit dibedakan antara spesies satu dengan yang lain. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi Colletotrichum spp. dari beberapa komoditas pascapanen secara morfologi dan identifikasi molekuler dengan primer spesifik. Isolat diambil dari daerah Yogyakarta dan Temanggung yang meliputi 9 komoditas yang diduga terinfeksi Colletotrichum spp. Pemurnian dan pengamatan morfologi yang meliputi pengamatan koloni dan konidium dilakukan untuk mengetahui keragaman dari Colletotrichum spp. sedangkan identifikasi molekuler dengan primer spesifik C. gloeosporioides (CgInt, ITS4), C. acutatum (CaInt2, ITS2) dan C. capsici (CcapF, CcapR) digunakan sebagai pembanding hasil karakterisasi morfologi. Hasil karakterisasi morfologi adalah 8 isolat terdeteksi C. gloeosporioides, 11 isolat diduga C. acutatum dan 1 isolat diduga C. capsici. Identifikasi molekuler menunjukkan 6 isolat adalah C. gloeosporioides, 10 isolat adalah C. acutatum dan 4 isolat belum teridentifikasi. Perbandingan karakterisasi morfologi dan molekuler memberikan hasil kesesuaian 65% yang berarti keakuratan karakterisasi morfologi untuk Colletotrichum spp. pada angka tersebut. Pada komoditas cabai, apel dan mangga diketahui bahwa dapat terserang kompleks Colletotrichum spp. yaitu C. gloeosporioides, C. acutatum dan yang lainnya.

Postharvest commodities are easily damaged one of which is caused by pathogen infection since it was in field or during handling process. An important pathogen that infects postharvest commodities is Colletotrichum spp. Colletotrichum spp. has a wide diversity that were clustered into 9 clades. The characterization constraint occurs because of an infection could be caused by Colletotrichum spp. complex. Morphologically among species Colletotrichum spp. are difficult to be distinguished. This study aimed to characterize Colletotrichum spp. from some postharvest commodities morphologically and identify molecularly using specific primers. Isolates were taken from Yogyakarta and Temanggung, covering 9 commodities infected by Colletotrichum spp. Purification and morphological observations that included observations of colonies and conidia are performed to determine the diversity of Colletotrichum spp. whereas molecular identification using specific primers C. gloeosporioides (CgInt, ITS4), C. acutatum (CaInt2, ITS2) and C. capsici (CcapF, CcapR) were used as a comparison towards their morphology. Results of morphological characterization showed that 8 isolat were suspected as C. gloeosporioides, 11 isolates were assume as C. acutatum and 1 isolate was suspected C. capsici. Moolecular identification showed 6 confirmed isolates of C. gloeosporioides, 10 isolates of C. acutatum and 4 isolates not identified yet. Comparison of morphological and molecular characterization are a result of suitability of 65% which means the accuracy of morphological characterization for Colletotrichum spp. only 65%. In chilli, apples and mangoes were known that anthracnose were caused by Colletotrichum spp. complex namely C. gloeosporioides, C. acutatum and others.

Kata Kunci : Colletotrichum, karakterisasi, komoditas pascapanen, molekuler, morfologi