DETEKSI DAN IDENTIFIKASI MOLEKULER EXPRESSION-SITE-ASSOCIATED GENE (ESAG) 6 PADA Trypanosoma evansi

FATHUR ROHMAN H, Dr.drh. R. Wisnu Nurcahyo ; Dr. drh. Bambang Sutrisno, MP.

2017 | Tesis | S2 Sain Veteriner

Trypanosomiasis (Surra) disebabkan oleh Trypanosoma evansi merupakan salah satu penyakit parasit darah yang penting, menyerang hewan ternak dan dosmetik lainnya di Indonesia. Surra menyebabkan kerugian ekonomi pada ternak, bersifat imunosupresif dan berpotensi menjadi penyakit zoonosis. Expression-Site-Associated Gene (ESAG) 6 merupakan marker yang belum banyak digunakan untuk deteksi molekuler. Penelitian ini ditujukan untuk deteksi Trypanosoma evansi secara molekuler berdasarkan ESAG 6 dan mengetahui variasi genetik ESAG 6 dari beberapa daerah di Indonesia, beserta data pembanding dari GenBank. Sampel yang digunakan berjumlah 4 sampel terdiri dari 1 isolat hidup Trypanosoma evansi hospes kerbau (Brebes), 1 sampel darah positif CATT hospes sapi (Kulon Progo), dan 2 sampel stok DNA hospes sapi (Bengkulu, Lampung). Deteksi molekuler menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) pada gen target ESAG 6 dengan menggunakan primer forward (5'- ACA TTC CAG CAG GAG TTG GAG -3') dan primer reverse (5'- CAC GTG AAT CCT CAA TTT TGT -3'). Elektroforesis hasil PCR diperoleh amplikon berukuran 237 bp. Analisis hasil sekuensing menggunakan Basic Local Aligmnet Search Tool (BLAST) dan software Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) versi 7, menunjukkan bahwa sekuen ESAG 6 Trypanosoma evansi asal Brebes, Bengkulu, Lampung, dan Kulon Progo identik 97-98% dengan sekuen Trypanosoma evansi di GenBank (KR858301.1). Substitusi nukleotida sebanyak 21, dan tidak terjadi delesi maupun insersi pada keempat sampel. Adanya perbedaan nukleotida dan jarak genetik diantara sampel Trypanosoma evansi penelitian maupun dengan data di GenBank, kecuali untuk Trypanosoma evansi asal Bengkulu dan Lampung. Konstruksi pohon filogenetik neighbor joining menunjukkan bahwa Trypanosoma evansi asal Brebes, Kulon Progo, Bengkulu, dan Lampung memiliki kekerabatan terdekat dengan Trypanosoma evansi clone 1O19 (JF894242.1) dengan nilai bootstrap 64%. Penelitian dapat disimpulkan, Trypanosoma evansi dapat dideteksi secara molekuler dengan marker ESAG 6, adanya variasi genetik sekuen ESAG 6 Trypanosoma evansi diantara beberapa daerah di Indonesia maupun dengan sekuen ESAG 6 di GenBank, kecuali untuk Trypanosoma evansi asal Bengkulu dan Lampung (homolog 100%).

Trypanosomiasis (Surra) caused by Trypanosoma evansi is one of the blood parasitic diseases, attacking livestock and other domestic in Indonesia. Surra caused economic disadvantages in livestock, in addition Surra is immunosupresive and potential to be zoonotic disease. Expression-Site-Associated Gene (ESAG) 6 is a marker that has not been widely used for molecular detection. This study is aimed at detecting Trypanosoma evansi molecularly based on ESAG 6 and knowing ESAG 6 genetic variation from several regions in Indonesia, along with comparison data from GenBank. The samples used were 4 samples consisting of 1 live isolate Trypanosoma evansi buffalo host (Brebes), 1 positive CATT blood sample cow host (Kulon Progo), and 2 stock DNA samples cow host (Bengkulu, Lampung). Molecular detection uses the Polymerase Chain Reaction (PCR) technique on the ESAG 6 target gene by using a forward primer (5'- ACA TTC CAG CAG GAG TTG GAG -3') and reverse primer (5'- CAC GTG AAT CCT CAA TTT TGT -3'). Electrophoresis of PCR result obtained by amplicon measuring 237 bp. Analysis of sequencing results using Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) and Molecular Evolutionary Genetics Analysis (MEGA) software version 7, shows that the ESAG 6 Trypanosoma evansi sequence of Brebes, Bengkulu, Lampung, and Kulon Progo is identical 97-98% with the Trypanosoma evansi sequence in GenBank (KR858301.1). Nucleotide substitution of 21, and no deletions or insertions in all four samples. Differences in nucleotides and genetic distances between Trypanosoma study evansi samples and with data in GenBank, except for Trypanosoma evansi origin Bengkulu and Lampung. The construction of phylogenetic neighbor joining tree shows that Trypanosoma evansi from Brebes, Kulon Progo, Bengkulu and Lampung has the closest kinship with Trypanosoma evansi clone 1O19 (JF894242.1) with 64% bootstrap value. Research can be concluded, Trypanosoma evansi can be detected molecularly with marker ESAG 6, the genetic variation of ESAG 6 sequence Trypanosoma evansi among some regions in Indonesia and with ESAG 6 sequence in GenBank, except for Trypanosoma evansi origin Bengkulu and Lampung (homolog 100%).

Kata Kunci : Expression-Site-Associated Gene (ESAG) 6, sekuensing, Surra, Trypanosoma evansi, variasi genetik