ANALYSIS OF NOROVIRUS GII GENETIC DIVERSITY IN OYSTER DURING 2015 WINTER SEASON IN OYSTER CULTIVATION AREA OF NORTHERN EASTERN JAPAN

NABILA DHYAN A, Dr. Ir. Retno Indrati, M.Sc

2016 | Skripsi | S1 TEKNOLOGI PANGAN DAN HASIL PERTANIAN

Norovirus merupakan salah satu penyebab merebaknya gastroenteritis akut di seluruh dunia pada kurun waktu beberapa dekade ini. Norovirus terbagi atas beberapa genogroup, di mana GII adalah genogroup paling umum tersebar di seluruh dunia. Sebagian besar penularan Norovirus adalah melalui air yang terkontaminasi limbah yang mengalir ke tempat budidaya tiram. Tiram diduga menjadi salah satu jalur penularan norovirus melalui mekanisme penyaringan yang merupakan cara tiram memperoleh makanan. Enam sampel tiram dikumpulkan dari kawasan budidaya tiram Jepang, pada bulan Januari dan Februari 2015. Bagian dari tiram yang digunakan adalah jaringan pencernaanyang akan diekstraksi asam nukleatnya dan diikuti oleh amplifikasi virus dan pemurnian. Aeragaman genetik dilakukan dengan menggunakan Pyrosequencing dari Sistem GS Junior. Norovirus GII.3, 4 dan 17 merupakan strain yang terdeteksi di sampel. Norovirus GII.4 Sydney 2012 adalah varian dari GII yang dominan di lima sampel, sedangkan Den Haag 2006b ditemukan sejumlah 96% dalam satu sampel. Pyrosequencing berhasil diterapkan pada sampel tiram untuk memperoleh informasi genomik. Penelitian ini memberikan pemahaman yang lebih baik dari keragaman genetik dari norovirus di daerah studi.

Norovirus is one of the recent leading causative agents for acute gastroenteritis around the world these decades. Among norovirus genotypes, GII is the most prevalent genogroup worldwide. Norovirus is mostly transmitted through contaminated sewage water which flows to the shellfish harvesting site. Oyster was suggested to be one of the pathways of norovirus transmission through their filter feeding mechanism. Six oyster samples were collected from Japanese oyster cultivation area, in January and February, 2015. Digestive tissues were excised from oysters and nucleic acid extraction was carried out followed by amplification and purification. Finally, the GS Junior system was applied to perform pyrosequencing on the norovirus amplicons. Norovirus GII.3, 4 and 17 were detected in each sample. The norovirus GII.4 Sydney 2012 was dominant variant for five samples, while Den Haag 2006b was found as high as 96% in one sample. By applying pyrosequencing to oyster samples, genomic information of norovirus could be obtained. This research provided a better understanding of the genetic diversity of norovirus in study area

Kata Kunci : Norovirus, Gastroenteritis, Oyster, Pyrosequencing