SIMULASI DINAMIKA MOLEKULAR SENYAWA ANTIKANKER 2-KLORO- 3--1,4-DIHIDRONAFTALEN-1,4-DION DENGAN PROTEIN Bcl-xL
OKTAVIANUS HENDRA CIPTA, Dr.rer.nat Ria Armunanto, M.Si ; Drs. Iqmal Tahir, M.Si
2016 | Skripsi | S1 KIMIATelah dilakukan simulasi dinamika molekuler kompleks senyawa antikanker 2-kloro-3-{[3-(2,2,2-trifluoroasetil)fenil]amino}-1,4,-dihidronaftalen-1,4-dion (NPQ) dengan protein Bcl-xL. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengetahui ikatan hidrogen antara ligan dengan protein dengan metode penambatan molekuler dan melihat kestabilan ikatannya dengan simulasi dinamika molekuler. Penelitian ini diawali dengan mencari situs aktif dari protein Bcl-xL yang akan digunakan sebagai binding site untuk penambatan molekuler. Kemudian dilihat ikatan hidrogen apa saja yang terjadi dan selanjutnya kompleks dalam air tersebut akan disimulasi menggunakan metode simulasi dinamika molekuler untuk melihat kestabilan ikatan hidrogen yang terjadi. Hasil penelitian menunjukkan bahwa konformasi ligan hasil penambatan molekuler yang paling stabil memiliki energi bebas ikatan sebesar -100,361 kJ/mol dan terikat pada asam amino ASN76 dan ARG79. Setelah dilakukan simulasi dinamika molekuler, diketahui ikatan hidrogen yang paling stabil adalah antara residu asam amino ASN76 dengan atom O1 pada ligan NPQ. Berfungsinya atom O1 yang merupakan gugus keton pada ligan sebagai akseptor elektron, diharapkan memiliki aktivitas biokimia dalam tubuh sehingga dapat berfungsi sebagai inhibitor untuk protein Bcl-xL.
Molecular dynamics simulation of anticancer compound 2-chloro-3-{[3-(2,2,2-trifluoroacetyl)phenyl]amino}-1,4-dihydronaphtalene-1,4-dione with Bcl-xL complex have been done. The purpose of this study is to find out hydrogen bonding between ligand and protein with molecular docking method and to observe the stability of the hydrogen bonding with molecular dynamics simulation. This study is started by looking for the active site of Bcl-xL protein that will be used for molecular docking. Then we observed which hydrogen bonding that occured in molecular docking and after that the complex within water will be simulated with molecular dynamics simulation methods to observe the stability of the hydrogen bonding that occured. The result of the study showed that the most stable ligand conformation from molecular docking have binding free energy -100.361 kJ/mol and bound to ASN76 and ARG79 amino acid. After molecular dynamics simulation have been done, it is known that the most stable hydrogen bonding are between ASN76 amino acid residue with O1 atom from the NPQ ligand. Proper functioning of O1 atom as a ketone functional group from ligand as an electron acceptor, is expected to have biochemical activity in the body so it can be used as inhibitor for Bcl-xL protein.
Kata Kunci : 1,4-naftoquinon, Bcl-xL, penambatan molekuler, simulasi dinamika molekuler.
