Identifikasi Bakteri Kontaminan pada Kultur Jaringan Bambu

ERNA WULANDARI, Dr. Endah Retnaningrum, S.Si., M.Eng

2016 | Tesis | S2 Biologi

Bambu merupakan salah satu jenis tumbuhan yang dapat diperbanyak melalui kultur jaringan tumbuhan, namun adanya mikrobia kontaminan menyebabkan kultur jaringan bambu mengalami penurunan jumlah produksi. Salah satu jenis mikrobia yang menjadi kontaminan pada kultur jaringan bambu adalah bakteri. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi bakteri kontaminan kultur jaringan bambu dan mengetahui keanekaragaman bakteri kontaminan kultur jaringan bambu. Pada penelitian ini dilakukan isolasi bakteri, karakterisasi fenotipik yang meliputi morfologi, pengujian fisiologi, uji biokimiawi, identifikasi, dan analisis numerik fenetik. Pada penelitian ini diperoleh 44 isolat bakteri kontaminan kultur bambu. Berdasarkan profile matching menggunakan Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 41% termasuk dalam genus Bacillus, 12% Enterococcus, 9% Listeria, 9% Erwinia, 7% Xenorhabdus, 5% Lactobacillus, 5% Trichococcus, 2% Klebsiella, 2% Morococcus, 2% Corynebacterium, 2% Sporolactobacillus, dan 2% termasuk dalam genus Sarcina. Dendogram yang dihasilkan dari parameter Simple Matching coefficient (SSM) dengan menggunakan algoritma average linkage diketahui bahwa pada nilai similaritas 71% 44 OTU sudah bergabung menjadi satu klaster. Sedangkan dendogram yang dihasilkan dari parameter Jaccard's coefficient (SJ) dengan menggunakan algoritma average linkage pada nilai similaritas 70% 44 OTU terbagi dalam 43 klaster. Keywords : kultur jaringan bambu, bakteri kontaminan, klasifikasi numerik fenetik

Bamboo is one of the plants which propagated by tissue culture technique however, the emergence of microbial contaminant caused decrease of bamboo production. A type of microbe that caused the contamination on bamboo tissue culture is bacteria. This study aimed to isolate bacterial contaminant and understanding its biodiversity. Bacterial isolation and phenotypic characterization were done by observing morphology, physiological test, biochemical test, identification and numeric phenetic analysis. Forty-four bacterial contaminants was isolated and based on profile matching with Bergey's Manual of Determinative Bacteriology, 41% was a member of genus Bacillus, 12% Enterococcus, 9% Listeria, 9% Erwinia, 7% Xenorhabdus, 5% Lactobacillus, 5% Trichococcus, 2% Klebsiella, 2% Morococcus, 2% Corynebacterium, 2% Sporolactobacillus, and 2% belongs to genus Sarcina. A dendrogram created using Simple Matching coefficient (SSM) parameter and average linkage algorithm shown that on the 71% similarity index, all 44 OTU was grouped in one cluster. However, a dendrogram produced by Jaccard's coefficient (SJ) parameter and average linkage algorithm on 70% similarity index divided 44 OTU on to 43 clusters. Keywords : bamboo tissue culture, bacterial contaminants, numerical-fenetic classification

Kata Kunci : Keywords : kultur jaringan bambu, bakteri kontaminan, klasifikasi numerik fenetik