Optimalisasi Metode Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR untuk Genotyping SNP Ile655Val HER(strip)2 Pasien Kanker Payudara

SHABRINA SYIFA GHAISSANI, Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc; Dr.Eng. Desriani, M.Sc.

2016 | Skripsi | S1 BIOLOGI

SNP Ile655Val HER(Strip)2 diketahui sebagai molekular marker keganasan kanker payudara dengan faktor prognostik yang buruk. Beberapa metode genotyping yang digunakan untuk menganalisis SNP meliputi; PCR RFLP, AS PCR, PCR seq dan Real Time PCR dengan label probe. Masing-masing metode tersebut memiliki kelebihan dan kekurangan dalam hal teknis operasional dan biaya yang dikeluarkan. Penelitian ini bertujuan untuk mengkarakterisasi kit diagnostik SNP Ile655Val HER(strip)2 yaitu Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR untuk membedakan variasi alel SNP Ile655Val berdasarkan perbedaan pola melting peak dan temperature melting (Tm). Kit diagnostik tersebut dikarakterisasi berdasarkan reprodusibilitas, sensitifitas dan stabilitas. Berdasarkan hasil yang diperoleh, Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR mampu membedakan SNP Homozigot dan Heterozigot maupun wild type. Range Tm untuk SNP HER(strip)2 GG dan WT (AA) adalah 85 ± 0,14(derajat)C, 82,5 ± 0,23(derajat)C, kemudian nilai Ct masing masing alel GG, AG dan AA yaitu 19,6 ± 0,27; 22,5 ± 0,23; dan 18,6 ± 0,22. Reprodusibilitas metode dianalisis menggunakan Kappa statistik menghasilkan koefisien Kappa sebesar 1 yang menunjukkan kesesuaian metode dengan PCR seq sebagai gold standard method. Metode Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR memiliki sensitifitas cukup baik karena mampu mengamplifikasi sampel genotipe GG dengan seksama di dalam sampel yang diformulasi dengan sampel genotipe AA. Hasil menunjukkan nilai Ct di range GG pada semua formulasi namun melt peak terbentuk yang mencirikan alel AA. Disimpulkan bahwa metode Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR cepat, mudah, reprodusibel, sensitif dan stabil sebagai kit diagnostik untuk genotyping SNP Ile655Val HER(strip)2.

SNP Ile655Val HER(strip)2 is known as a molecular marker of malignancy of breast cancer with poor prognostic factors. Several genotyping methods used to analyze SNPs include; PCR RFLP, AS PCR, PCR seq and Real Time PCR probe labelled. Each of these methods has its advantages and disadvantages in terms of technical, operational and cost. This research aims to characterize a diagnostic kit SNP Ile655Val HER(strip)2 that is Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR to distinguish the SNP allele variation Ile655Val based on different Ct value and the melting peak melting temperature (Tm). The diagnostic kit is ncharacterized by reproducibility, sensitivity and stability. Based on the results obtained, Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR is able to distinguish the SNP Homozygous and Heterozygous or wild type. Range Tm for SNP HER(strip)2 GG and WT (AA) were 85 ± 0,14(derajat)C, 82.5 ± 0,23(derajat)C, the value of each allele Ct GG, AG and AA were 19.6 ± 0.27; 22.5 ± 0.23; and 18.6 ± 0.22. The reproducibility of method were analyzed by Kappa statistic resulting in 1 KAPPA coefficient , which indicates conformance with the PCR method as the gold standard method PCR seq. Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR method were sensitive due to the ability to amplify samples of GG genotype sample precisely which formulated with the AA genotype samples. The results show the Ct value in the range GG in all formulations but melt peak form characterizes the alleles AA. It was concluded that the method Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR is fast, easy, reproducible, sensitive and stable as a diagnostic kit for SNP genotyping Ile655Val HER(strip)2.

Kata Kunci : Tm Shift SYBR Green I Real Time PCR, SNP Ile655Val HER(strip)2, Kanker Payudara