Deteksi Introgresi Lokus Aluminium Tolerance (Alt) dan Phosphorus Uptake 1 (Pup1) pada Tiga Populasi BC2F1 Padi (Oryza sativa L.) Berbantuan Penanda Molekuler

EKA PUTRI AMDELA, Dr. Panjisakti Basunanda, S.P., M.P.;Dr. Joko Prasetiyono, S.P., M.Si.

2016 | Skripsi | S1 PEMULIAAN TANAMAN

Keracunan Al dan Kahat P merupakan salah satu faktor pembatas dalam budidaya tanaman padi (Oryza sativa L.). Perbaikan genetik dengan memasukkan gen-gen toleran cekaman tersebut menjadi salah satu strategi untuk mengatasinya. Penelitian ini bertujuan untuk mendapatkan tanaman padi hasil silang balik generasi BC2F1 yang memiliki lokus Alt dan Pup1, yaitu dua lokus yang diketahui berkontribusi terhadap sifat toleran keracunan Al dan kahat P. Penelitian ini dilakukan di BB Biogen Bogor mulai bulan April hingga September 2015. Dalam penelitian ini, perbaikan sifat dilakukan terhadap tiga padi asal Indonesia, yaitu 'Dodokan', 'Situ Bagendit' dan 'Batur' dengan cara menyilangkannya dengan padi 'Dupa' (sumber Alt) dan 'Kasalath' (sumber Pup1). Tiga populasi padi dari kegiatan silang balik generasi kedua (BC2F1 'Dodokan'+Pup1+Alt, BC2F1 'Situ Bagendit'+Pup1+Alt, dan BC2F1 'Batur+Pup1+Alt) diujikan pada media Yoshida modifikasi (0,5 ppm + 45 ppm Al, pH 4) selama dua minggu. Pemilihan individu didasarkan pada pengamatan morfologi (panjang akar dan jumlah anakan), dan analisis molekuler (introgresi lokus Alt dan Pup1). Reduksi kandidat terpilih dari total 480 individu menghasilkan 5 individu positif memiliki lokus Alt dan Pup1 pada BC2F1 'Dodokan'+Pup1+Alt, pada BC2F1 'Situ Bagendit'+Pup1+Alt (9 individu), dan 'Batur'+Pup1+Alt (8 individu). Analisis pemulihan genom dilakukan menggunakan 36-38 pasang primer SSR polimorfik. Pemulihan genom rata-rata pada 'Dodokan'+Pup1+Alt, BC2F1 'Situ Bagendit'+Pup1+Alt, dan 'Batur'+Pup1+Alt secara berturut-turut adalah 60,96%, 65,41%, dan 49,1%.

Al toxicity and P deficiency is one of the limiting factors in rice (Oryza sativa L.) cultivation. Genetic improvement can be used by introducing certain genes that contributed to tolerance to these problems. This study aimed to get the line of BC2F1 generation containing locus Alt and Pup1, that are known to contribute for tolerance of Al toxicity and P deficiency. This study was carried out at BB Biogen, Bogor, from April to September 2015. Trait improvement was conducted to three rice cultivars from Indonesia, 'Dodokan', 'Situ Bagendit' and 'Batur' by crossing it with 'Dupa' (donor parent for Alt) and 'Kasalath' (donor parent for Pup1). Three populations of rice from second backcross generation (BC2F1 'Dodokan'+Alt+ Pup1, BC2F1 'Situ Bagendit'+Alt+Pup1, and BC2F1 'Batur'+Pup1+Alt+) was tested on a modified Yoshida media (0.5 ppm P + 45 ppm Al, pH 4) for two weeks. Selection based on the observation of morphological (root length and number of tillers), and molecular analysis (introgression of Alt and Pup1). Reduction of selected candidates from a total of 480, there was 5 positive lines contain Alt and Pup1 in BC2F1 'Dodokan'+Pup1+Alt, BC2F1 'Situ Bagendit'+Pup1+Alt (9 lines), and 'Batur'+Pup1+Alt (8 lines). Analysis of the genome recovery performed using 36-38 polymorphic SSR primers and GGT 2.0. Average recovery of genome 'Dodokan'+Alt+Pup1, BC2F1 'Situ Bagendit'+Pup1+Alt, and 'Batur'+Pup1+ Alt, was 60,96%, 65,41%, and 49,1%, respectively.

Kata Kunci : padi, silang balik, SSR, Alt, dan Pup1