KARAKTERISASI MOLEKULAR BAKTERI SELULOLITIK DARI SALURAN PENCERNAAN IKAN BANDENG DAN RAYAP

RADHIYAH MARDHIYAH H, Dr. Yekti Asih Purwestri, M.Si. ; Dr. Endah Retnaningrum S.Si., M.Eng

2016 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Pada penelitian sebelumnya telah diisolasi isolat BSA B1 dari saluran pencernaan ikan bandeng (Chanos chanos) dan isolat BSR 2, BSR 3, BSR 8, BSR 9 dari saluran pencernaan rayap. Kelima isolat tesebut menunjukkan adanya aktivitas selulolitik. Penelitian mengenai bakteri selulolitik tersebut masih terbatas pada isolasi dan purifikasi enzim tanpa karakterisasi dan identifikasi jenis bakteri. Oleh karena itu, perlu dilakukan isolasi DNA dan karakterisasi molekular sekuen 16S rRNA yang bertujuan untuk mengetahui jenis spesies dan keberagaman dari bakteri selulolitik tersebut. Penelitian ini dilakukan dengan beberapa tahap yaitu isolasi DNAsecara konvensional, analisis kuantitatif dengan spektrofotometer dan analisis kualitatif dengan elektroforesis. Selanjutnya dilakukan analisis PCR dan sequencing gen 16S rRNA. Karakterisasi molekular isolat BSA B1, BSR 2, BSR 3, BSR 8, BSR 9 berdasarkan sekuen gen 16S rRNA menunjukkan isolat BSA B1 memiliki kemiripan dengan Bacillus licheniformis dengan similaritas sebesar 98,8 %, isolat BSR 8 memiliki similaritas tertinggi dengan Brevibacillus parabrevissebesar 92,48 % sedangkan BSR 9 dengan Brevibacillus sp. sebesar 95,91 %. Isolat BSR 3 terindikasi memiliki kedekatan dengan Pseudomonas alcaligenes dengan similaritas sebesar 94,29 %, sedangkan isolat BSR 2 belum dapat diiketahui karena hanya memiliki similaritas tertinggi sebesar 67,44 % dengan Pseudomonas sp. Bakteri selulolitik dari saluran pencernaan bandeng merupakan bakteri dari kelompok Bacillus sedangkan dari saluran pencernaan rayap ialah dari kelompok Pseudomonas dan Brevibacillus. �¢ï¿½ï¿½

BSA B1 isolate was isolated from the digestive tract of milkfish (Chanos chanos) and BSR 2 BSR 3 BSR 8, BSR 9 were isolated from the digestive tract of termites. Five isolates showed cellulolytic activity. Research on the cellulolytic bacteria was still limited to the isolation and purification of the enzyme without the characterization and identification of bacterial species. Therefore, it were necessary to do DNA isolation and characterization of molecular sequences of 16S rRNA to determine species and diversity of the cellulolytic bacteria. This research was conducted by several steps. The first was the conventional method of DNA isolation, then quantitative analysis by spectrophotometer and qualitative analysis by electrophoresis. Further analysis of PCR and sequencing of 16S rRNA gene. The molecular characterization of isolates BSA B1, BSR 2 BSR 3 BSR 8, BSR 9 based on 16S rRNA gene sequences showed BSA B1 isolate was identified as Bacillus licheniformis with similiarities amounted to 98.8%, isolates BSR 8 and BSR 9 was Brevibacillus parabrevis and Brevibacillus sp. with similarities amounted to 92.48% and 95.91%, BSR 3 isolates was identified as the bacterium Pseudomonas alcaligenes with similarities amounted to 94.29%, while the BSR 2 isolates cannot be identified yet because it only has the highest similarities by 67, 44% with Pseudomonas sp.

Kata Kunci : Bakteri selulolitik, gen 16S rRNA, karakter molekular