VARIASI GENETIK GEN folA dan folP SEBAGAI MARKER RESISTENSI COTRIMOXAZOL PADA Streptococcus pneumoniae

ARRYYAN BIMANTARI, Dr. Endah Retnaningrum, S. Si., M.Eng.; Dodi Safari, Ph.D; Dewi Kartikawati Paramita, S.Si., M.Si., Ph.D

2016 | Tesis | S2 Biologi

Streptococcus pneumoniae adalah bakteri penyebab utama penyakit pneumonia, meningitis, bakteremia dan sepsis di seluruh dunia. Penanganan dengan antibiotik telah memunculkan kasus-kasus resistensi terhadap antibiotik, salah satunya adalah Cotrimoxazol / Trimetoprim-Sulfametoxazol (CTX). Resistensi terhadap Trimetoprim maupun Sulfametoxazol dapat terjadi karena mutasi non-synonymous pada gen-gen pengkode enzim target, yaitu gen folA (pengkode DHFR) dan folP (pengkode DHPS). Penelitian ini dilakukan pada Januari-Juni 2016. Sebanyak 51 isolat Streptococcus pneumoniae dari arsip sebuah carriage study di Lombok, Indonesia, diuji suseptibilitasnya terhadap panel antibiotik dan diukur Minimum Inhibitory Consentration (MIC) terhadap CTX. Isolasi DNA dilanjutkan dengan amplifikasi gen folA dan folP dengan PCR lalu di-sekuensing. Data sekuens dianalisis dengan menggunakan BioEdit untuk keperluan analisis mutasional dan filogenetik, sehingga didapatkan asosiasi antara SNP pada gen folA dan gen folP. Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa SNP acak pada folA berkorelasi dengan resistensi terhadap CTX, tetapi tidak pada folP. Hasil analisis mutasional menunjukkan bahwa genotipe Asp-92-Ala Ile-100-Leu pada DHFR dan genotipe STRPRPGSSYVEIE pada DHPS berkorelasi tinggi dengan resistensi terhadap CTX.

Streptococcus pneumoniae is the common cause of bacterial pneumonia, meningitist, bacteremia and sepsis around the world. The use of antibiotics, such as Cotrimoxazole (Trimethoprim-Sulfamethoxazole) had lead antibiotic resistance cases. Both Trimethoprim and Sulfamethoxazole resistance caused by non-synonymous mutation in the target enzyme of the both antibiotics, DHFR and DHPS, encoded by folA and folP gene. This study was held by January-June 2016. A 51 of S. pneumoniae archive isolates from a carriage study in Lombok were tested their susceptibility againts panel of antibiotics and Minimum Inhibitory Consentration (MIC) againts CTX. DNA isolation are followed by PCR and Sequencing of folA and folP gene. Sequence of folA and foP gene that obtained were analysed by BioEdit for mutasional dan phylogenetics analysis. Phylogenetic analysis result shows that random SNPs in folA correlated with CTX resistance, but not in folP. Mutational analysis result shows that variation Asp-92-Ala Ile-100-Leu from DHFR and varation STRPRPGSSYVEIE of DHPS are correlated with CTX resistance in S. pneumoniae in Indonesia, so that the variations can be used as CTX-resistance marker in S. pneumoniae.

Kata Kunci : CTX resistant S. pneumoniae, folA and folP gene, DHFR and DHPS protein, nsSNP, resistance marker