DETEKSI DAN IDENTIFIKASI PENANDA MOLEKULAR TERPAUT GEN RESISTEN TERHADAP Fusarium oxysporum PADA TANAMAN CABAI (Capsicum annuum L.)

APRILIA DITA P, Rina Sri Kasiamdari, S.Si., Ph.D.; Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2016 | Tesis | S2 Biologi

Cabai (Capsicum annuum L.) merupakan komoditas pertanian penting di Indonesia yang memiliki nilai ekonomis tinggi. Mikroorganisme menjadi salah satu kendala dalam budidaya tanaman cabai, karena menyebabkan penyakit pada tanaman. Salah satu penyakit yang menginfeksi adalah layu fusarium disebabkan oleh Fusarium oxysporum dengan gejala daun kekuningan, layu, kerdil, dan jaringan vaskular berwarna coklat. Tanaman cabai TM 999 Generasi Kelima (F5) merupakan hasil seleksi tanaman yang resisten terhadap hama dan penyakit secara alami dari generasi pertama yang dilakukan di lapangan. Gen resisten penyakit (R-genes) memiliki fungsi utama menjaga tanaman dari infeksi patogen. Tujuan penelitian ini untuk mengetahui ketahanan C. annuum F1 dan F5 serta mengidentifikasi penanda molekular terpaut gen resisten terhadap F. oxysporum pada C. annuum TM 999 F1 dan F5. Identifikasi patogen F. oxysporum dilakukan berdasarkan karakter koloni makroskopis dan mikroskopis dengan makrokonidia dan mikrokonidia. Karakter molekular F. oxysporum diidentifikasi dengan primer spesifik FOF1/FOR1 yang menghasilkan pita DNA pada 340 bp. Uji patogenisitas terhadap F. oxysporum dilakukan pada kelompok C. annuum F1 dan F5, gejala penyakit layu fusarium diamati dengan metode scoring. Analisis keragaman menggunakan One-way ANOVA dilanjutkan dengan uji lanjut DMRT. Pada minggu VI Disease Severity Index (DSI) C. annuum TM 999 F1 dan F5 menunjukkan status Rentan (80,6% dan 65,3%). Penanda molekular Simple Sequence Repeat (SSR) dengan primer CAMS 327 dan Hpms 1-111 dapat dideteksi pada C. annuum untuk diversitas genetik tetapi belum spesifik terkait dengan gen resisten terhadap F. oxysporum.

Chili peppers (Capsicum annuum L.) is an important agricultural commodity in Indonesia which has a high economic value. Microorganisms become one of the obstacles in the cultivation of pepper plants, because they cause diseases in plants. One of the disease is fusarium wilt that caused by Fusarium oxysporum, with symptoms of yellow leaves, wilted, stunted, and brown vascular tissue. C. annuum L. TM 999 Fifth Generation (F5) is the result of the selection of plants resistant to pests and diseases naturally from first generation in the field. Disease resistance genes (R-genes) have primary function of keeping the plant pathogen infection. The purpose of this study was to observe chili peppers plant TM 999 F1 and F5 resistance to infection of F. oxysporum and identify molecular markers linked with genes resistance toward F. oxysporum on C. annuum TM 999 F5. Identification of pathogen F. oxysporum was done by macroscopic and microscopic character. F. oxysporum molecular characters was identified by specific primers FOF1 / FOR1 that generated DNA bands at 340 bp. Pathogenicity test against F. oxysporum was conducted on a group of C. annuum F1 and F5, fusarium wilt disease symptoms was observed by scoring method. One-way ANOVA analysis was used to determine the diversity, followed by DMRT test. At week VI, Disease Severity Index (DSI) F1 and F5 indicated Susceptible (80,6%; 65,3%). Molecular markers of Simple Sequence Repeat (SSR) 1-111 Hpms and CAMS 327 primer detected genetic diversity of C. annuum but were not specific associated with resistance gene to F. oxysporum.

Kata Kunci : Cabai TM 999, Fusarium oxysporum, Molekular, SSR, Gen Resisten