Identifikasi Molekuler Virus Penyebab Mosaik pada Sembilan Varietas Tebu

DEWI RAHMITASARI, Prof. Dr. Ir. Susamto Somowiyarjo, M.Sc; Dr. Ir. Sedyo Hartono, MP.

2016 | Tesis | S2 Bioteknologi

Tebu (Saccharum officinarum L.) merupakan tanaman penting di Indonesia karena manfaatnya sebagai penghasil gula. Salah satu penyakit yang perlu diwaspadai pada tanaman tebu adalah penyakit mosaik karena potensinya dalam menurunkan produktivitas tebu sehingga perlu dilakukan identifikasi virus penyebab mosaik pada tanaman tebu. BBPPTP Surabaya sebagai instansi yang melaksanakan sertifikasi pada bibit tebuperlu mengetahui metode identifikasi virus penyebab mosaik sebagai dasar dalam pengujian kesehatan benih untuk mendukung tersedianya bibit tebu yang sehat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui virus penyebab mosaik pada sembilan varietas tanaman tebu dan mengetahui metode identifikasi virus pada tanaman yang cepat dan akurat yang dapat digunakan Pengawas Benih Tanaman dalam pengujian kesehatan benih di wilayah kerja BBPPTP Surabaya. Metode penelitian ini adalah pengambilan sampel daun tanaman tebu dari sembilan varietas yang diambil dari tiga lokasi yaitu VMC 7616, PSJK 922, Kidang Kencana dan Tolangohula 2 (Jombang); PS 881 dan PS 862 (Pasuruan);PS 864 dan PSBM 901 (Kediri). Sampel diisolasi ss-RNA dilanjutkan dengan teknik RT-PCR (Reverse-Transcription Polymerase Chain Reaction), teknik PCR (Polymerase Chain Reaction), sekuensing dan analisa bioinformatika. Primer yang digunakan dalam penelitian ada dua yaitu MJ1-MJ2dan SCSMV cpF-SCSMV AP3. Penelitian dilakukan di Laboratorium Fitopatologi, Fakultas Pertanian UGM. Hasil penelitian ditemukan bahwa gejala mosaik yang ditimbulkan pada 8 (delapan) sampel varietas tebu disebabkan oleh 2 (dua) jenis virus penyebab mosaik yaitu SCMV (Sugarcane mosaic virus) yang ditemukan pada varietas PS 881 dan SCSMV (Sugarcane streak mosaic virus) yang ditemukan pada 7 (tujuh) varietas lain. Teknik sekuensing menunjukkan bahwa SCMV yang ditemukan pada varietas PS 881 diketahui memiliki homologi nukleotida (93,6%) dan kekerabatan terdekat dengan isolat di Kenya (KT630805.1). Sementara SCSMV hasil penelitian mempunyai homologi (96,9%-98,5%) dan kekerabatan tertinggi dengan isolat SCSMV asal Indonesia (AB563503.1) dan Pakistan (GQ388116.1).

Sugarcane (Saccharum officinarum L.) is very important commodity in Indonesia because of its economical value as a sugar producer plant. One of the disease in sugarcane cultivating which have to treat is mosaic symptoms because of its potention in reducing final sugar yield. Mosaic symptoms might be caused by some viruses, so virus identification would be required to find the virus has caused the sugarcane disease in all of sugarcane field which can be found most in Jawa Timur as working area of BBPPTP Surabaya which had an authority to certificate the seed which would be distributed. This research aimed to find out the virus that caused the mosaic symptoms emerged in nine sugarcane varieties and getting information about identification method which suitable for seed health test in BBPPTP Surabaya.The first method of this research were sampling the sugarcane leaf with mosaic from nine varieties: VMC 7616, PSJK 922, Kidang Kencana and Tolangohula 2 (Jombang); PS 881 and PS 862 (Pasuruan);PS 864 dan PSBM 901 (Kediri). RNA was isolated from the sample and continued with RT-PCR technique, PCR technique and bioinformatic analysis. Primer which was used in this research were MJ1-MJ2 and SCSMV cpF � SCSMV AP3. This research conducted in the Laboratory of Fitopatologi, Faculty of Agricultura UGM. The result showed that the mosaic symptoms of 8 (eight) sugarcane varieties was caused by two species of virus: SCMV (Sugarcane mosaic virus) found in PS 881 and SCSMV (Sugarcane streak mosaic virus) found in 7 (seven) another varieties. Sequencing analysis showed that SCMV isolate found in PS 881 known had a high nucleotide homology (93,6%) and relation with the isolate from Kenya (KT630805.1), while the SCSMV had a high homology (96,9%-98,5%) and relation with SCSMV isolate from Indonesia (AB563503.1) and Pakistan (GQ388116.1).

Kata Kunci : Identifikasi molekuler, Potyvirus, SCMV, SCSMV/ Molecular identification, Potyvirus, SCMV, SCSMV