DETEKSI DAN ANALISIS KERAGAMAN GENETIK ANISAKID DENGAN METODE PCR-RFLP DAN MULTIPLEX-PCR

SEPTIANTO WIKAN NURHIDAYAT, Dr. Ir. Murwantoko, M.Si.; Dr. Eko Setyobudi, S.Pi, M.Si

2016 | Tesis | S2 Bioteknologi

Anisakis merupakan salah satu nematoda yang menginfeksi ikan. Deteksi secara morfologi tidak dapat mengetahui anisakis sampai tingkat spesies. Pendekatan molekuler perlu dilakukan untuk diagnosis secara akurat spesies anisakis yang menginfeksi ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mendeteksi dan menganalisis keragaman genetik anisakis yang menginfeksi ikan dengan metode PCR-RFLP dan Multiplex-PCR. Sebanyak satu ekor nematoda anisakis dikoleksi dari Ikan Kuwe (KWE), ikan Layang (LYG), ikan Ekor Merah (EMR), ikan Kembung mata besar (KMB) dan ikan Layur (LYR), masing-masing dilakukan ekstraksi DNA menggunakan metode Fenol Kloroform. Hasil amplifikasi daerah ITS dan gen cox2 dari masing-masing sampel menunjukkan jenis Anisakis typica. Analisis RFLP menggunakan enzim restriksi HinfI, HhaI, dan TaqI juga menunjukkan bahwa semua sampel adalah A. typica. Sekuensing dilakukan untuk mengetahui urutan basa dari sampel. Blast-N pada hasil sekuensing daerah ITS dan gen cox2 menunjukkan kemiripan dengan A. typica dengan identical value 99-100%. Keragaman genetik A. typica berdasarkan gen cox2 pada pohon filogenetik dapat menunjukkan hasil yang lebih baik dibandingkan daerah ITS.

Anisakis is one of the nematodes that infect fish. Morphological identification may not be able to detect anisakis to the species level. Molecular approaches are necessary to diagnose anisakis accurately. This study aims to detect and analyze genetic diversity of anisakis by PCR-RFLP and Multiplex-PCR. Each anisakis nematode sample were collected from Kuwe fish (KWE), Layang fish (LYG), Ekor Merah fish (EMR), Kembung Mata Besar fish (KMB), And Layur fish (LYR), then extracted using phenol chloroform method. The results showed that amplification of ITS region and cox2 gene from all samples indicate Anisakis typica. RFLP analysis using restriction enzyme HinfI, HhaI, and TaqI also indicate that all samples were A. typica. Sequencing was performed to determine the base sequence of samples. Blast-N on sequencing of ITS region and cox2 gene showed similarities with A. typica with identical value 99-100%. The genetic diversity of A. typica based on cox2 gene showed better results than ITS region in phylogenetic tree.

Kata Kunci : anisakis, PCR-RFLP, Multiplex-PCR, sekuensing, keragaman genetik