VARIASI GENETIK BAWANG MERAH (Allium cepa var. ascalonicum L.) SRIKAYANGAN BERDASARKAN RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

RANI SEPTIYANI, Dr. Budi Setiadi Daryono, M. Agr. Sc.

2016 | Skripsi | S1 BIOLOGI

Intisari Bawang merah (Allium cepa var. ascalonicum L.) di Indonesia memiliki beragam kultivar/varietas. Kultivar bawang merah di Indonesia yang telah dilakukan penelitian adalah bawang merah kultivar Biru, Tiron, Bali Lancur dan Philipine. Beberapa kultivar tersebut kemudian dibudidayakan di Daerah Yogyakarta dan salah satunya adalah Srikayangan yang dibudidayakan di Kulon Progo. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik dan tingkat kekerabatan bawang merah Srikayangan terhadap kultivar yang lain. Metode molekular yang digunakan untuk mengetahui variasi genetik salah satunya RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) berbasis PCR. Cara kerja penelitian ini terlebih dahulu dilakukan isolasi DNA dengan kit Nukleon-Phytopure. Selanjutnya diukur hasilnya secara kuantitatif dengan spektrofotometer. Hasilnya digunakan untuk RAPD-PCR dengan menggunakan 5 primer (L-01, OPD-13, OPU-03, OPU-16, dan OPA-07) pada 6 sampel kultivar bawang merah (Bauji, Bima, Biru Lancur, Tiron, Crok Kuning, dan Srikayangan). Dari metode tersebut akan di peroleh pita-pita DNA yang kemudian di skoring untuk analisis kekerabatan menggunakan software MVSP dengan rumus Jacard Coeficient (Sj). Hasil perhitungan Sj dikontruksikan menghasilkan dendogram dengan analisis UPGMA (Unweighted pair-group using arithmatic averages). Berdasarkan hasil penelitian diketahui lima primer yang digunakan mampu menghasilkan pita polimorfik. Primer yang menghasilkan pita polimorfik kurang dari 50% adalah OPU-16 dan untuk L-01 mampu menghasilkan pita polimorfik hingga 100%. Hasil tersebut dimasukkan dalam progam MVSP 3.1A dengan menghasilkan dendogram yang menggambarkan tingkat kekerabatan antara Srikayangan dengan kultivar lain. Srikayangan memiliki indeks similaritas sebesar 0,66 (66%). Hasil ini menunjukkan bahwa Srikayangan memiliki variasi genetik dan merupakan kultivar bawang merah yang berbeda dengan Bauji, Bima, Biru Lancur, Tiron, dan Crok Kuning berdasarkan penanda molekular RAPD. Kata kunci: Allium cepa var. ascalonicum L., kultivar Srikayangan, RAPD, MVSP

Abstract Shallots in Indonesia have many verities/cultivars. Cultivar that had being such as Biru, Tiron, Bali Lancur, and Philippine. Shallot cultivars were developed and cultivated in Yogyakarta, one of them is Srikayangan cultivar, which is cultivated in Kulon Progo, Yogyakarta. The aim of this research was to study genetic variation of shallots based on similarity level. Every cultivar has different characters example in DNA molecular. RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA) based on PCR is molecular method that used to know genetic variation. The research method used isolation of DNA from shallot using Nukleon-Phytopure Kit and measured quantitatively with spectrophotometer. The DNA is used for RAPD analysis using 5 primers (L-01, OPD-13, OPU-03, OPU-16, and OPA-07) in 6 shallots cultivars (Bauji, Bima, Biru Lancur, Tiron, Crok Kuning, and Srikayangan). This observation used five primers the result were DNA band and next step used scoring. DNA band were used to know relatives analyze with MVSP (Multi Variate Statistical Package) software by Jacard Coefficient (Sj). The dendogram was constructed by clustering analysis with UPGMA (Unweighted pair-group using arithmetic averages). Based on the results revealed five primers used are capable of producing polymorphic. The primary generating polymorphic band of less than 50% is OPU-16 and L-01 generating polymorphic band 100%. These results are included in the program MVSP 3.1A for generate dendogram that describe the extent of kinship between Srikayangan with other cultivars. Srikayangan has a similarity index of 0.66 (66%). These results indicate that the 'Srikayangan' has genetic variation and an shallots cultivar different with Bauji, Bima, Biru Lancur, Tiron, and Crok Kuning based on RAPD. Key word: Allium cepa var. ascalonicum L., Srikayangan cultivar, RAPD, MVSP

Kata Kunci : Allium cepa var. ascalonicum L., Srikayangan cultivar, RAPD, MVSP