Usaha budidaya udang windu terus dikembangkan di Balai Besar Pengembangan dan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara. Upaya budidaya yang telah dilakukan yaitu persilangan parental berkualitas bagus berasal dari Aceh dan Pangandaran. Upaya persilangan ini telah menghasilkan sampai pada Generasi ke enam (G6). Penelitian mengenai variasi genetik udang windu populasi G6, Aceh, Pangandaran berdasarkan karakter morfologis dan molekuler menggunakan penanda ISSR sampai saat ini belum diketahui. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengetahui variasi genetik udang windu pada ketiga populasi berdasarkan karakter morfologis dan penanda ISSR. Pengamatan morfologi dan morfometri udang windu menggunakan 55 karakter umum. Analisis karakter morfometri dasar menggunakan program SPSS 20 untuk mengetahui persamaan linier dan signifikansi parameter. Analisis karakter morfologis dan pita DNA udang windu menggunakan program MVSP 3.1 (Multi Variate Statistical Package) untuk memperoleh dendogram yang menunjukkan similaritas ketiga populasi. Hasil penelitian menunjukkan hubungan morfometri sefalotoraks terhadap abdomen dan karapaks terhadap abdomen dapat digunakan sebagai pembeda antar populasi udang Aceh, Pangandaran dan G6. Analisis data menunjukkan persentase similaritas morfologis populasi Aceh dan G6 adalah lebih dari 85%, sedangkan persentase similaritas populasi Pangandaran adalah 77%. Koefisien similaritas berdasarkan penanda ISSR tertinggi ditemukan pada 4 sampel G6 (G6B1, G6B2, G6J1 dan G6J2) dengan nilai 0,944-1,00. Nilai koefisien similaritas tertinggi pada 3 sampel asal Aceh (AJ4, AJ3 dan AJ5) yaitu 0,944. Nilai similaritas terendah ditemukan pada sampel AB4, G6J1 dan G6J2, yaitu 0.333. Variasi genetik udang windu Aceh berdasarkan persentase polimorfik lebih tinggi (76,47%) dibandingkan G6 (50%).

Black tiger prawn (Penaeus monodon) farming continues to be developed in the Balai Besar Pengembangan dan Budidaya Air Payau (BBPBAP) Jepara. That effort has been made by cultivate of good quality parental from Aceh and Pangandaran. That breeding has produced offspring until the Sixth generation (G6). Research on genetic variation in the G6, Aceh, Pangandaran populations based on morphological characters and ISSR markers unknown yet. The purpose of this study was to determine the genetic variation in three populations of prawn by morphological characters and ISSR markers. Observation of morphology and morphs metrical prawn used 55 general characters. Analysis of basic morphs metrical characters using SPSS 20 to determine the significance of linear and the equations parameters. Analysis of morphological characters and DNA bands using MVSP 3.1 program (Multi Variate Statistical Package) to showed the dendogram similarity within three populations. The results showed the relationship morph metrical cephalothorax to abdomen and carapace to abdomen can be used as a differentiator between populations of prawn Aceh, Pangandaran and G6. The percentage of similarity based on morphological and morph metrical population of Aceh and the G6 were more than 85%, while the percentage of similarity Pangandaran population to others was 77%. The highest similarity coefficient based on ISSR markers found in 4 samples G6 (G6B1, G6B2, G6J1 and G6J2), with a value of 0.944 to 1.00. The highest similarity coefficient were found in samples from Aceh (AJ3, AJ4 and AJ5) is 0.944. The lowest similarity founded in the samples G6J1, AB4 and G6J2, with a value 0333. Genetic variation prawn Aceh by polymorphic percentage was higher (76.47%) compared to G6 (50%).

Kata Kunci : Udang windu, variasi genetik, karakter morfologis, penanda ISSR