APLIKASI REVERSE TRANSCRIPTION - LOOP MEDIATED ISOTHERMAL AMPLIFICATION (RT-LAMP) UNTUK DETEKSI VIRUS JEMBRANA PADA DARAH SAPI BALI DENGAN BASIS DETEKSI GEN env-tm
NUGROHO, Tri Ananda Erwin , Asmarani Kusumawati
2012 | Tesis |Virus penyakit jembrana (VPJ) adalah lentivirus yang menyebabkan infeksi penyakit yang berakibat fatal pada sapi Bali di Indonesia. Penelitian ini bertujuan untuk menerapkan Reverse Transcription-Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP) dalam mendeteksi virus jembrana pada sel darah sapi Bali. Sampel darah sapi Bali yang suspect penyakit jembrana berasal dari Barabai-Kalimantan Selatan. Pada proses Amplifikasi RT LAMP digunakan primer F3, B3, FIP dan BIP tanpa menggunakan primer loop (LF). PCR digunakan secara paralel untuk deteksi virus jembrana yang selanjutnya digunakan sebagai pembanding hasil dari RT LAMP. Hasil elektroforesis amplifikasi PCR menunjukkan adanya pita spesifik pada marker 211 bp yang sesuai dengan kontrol positif berupa plasmid rekombinan pGEXTM yang membawa sisipan gen env-tm virus jembrana. Hasil elektroforesis RTLAMP menunjukkan adanya amplifikasi berupa munculnya ladder-like pattern pada gel agarosa. Aplikasi RT LAMP untuk deteksi virus jembrana pada darah sapi Bali dapat dilakukan dan perlu dilakukan penelitian lebih lanjut dengan sampel yang lain perlu dilakukan. Kata kunci : Virus jembrana, Darah, env-tm, RT-PCR, Reverse Transcription-Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP).
Jembrana disease virus (JDV) is a lentivirus that causes an acute, severe disease syndrome in infected Bali cattle in Indonesia. This research is aimed to apply reverse transcription-loop mediated isothermal amplification (RT LAMP) to detect JDV in the blood of Bali cattle. Blood samples of suspected Jembrana disease Bali cattle from Barabai, South Kalimantan are collected. RT LAMP method was developed that detected JDV genomic RNA in blood sample using primers : F3, B3, FIP, BIP (without loop primer) using env-tm gene as target gene. RT polymerase chain reaction (PCR) was used in parallel to detect JDV genomic RNA as the comparation to RT LAMP result. Recombinant plasmid pGEX-TM inserted env-tm gene of JDV was used as positive control. The result of electrophoresis in agarose gel by amplification of RT-PCR method showed positive result by showing specific ribbon in 211 bp marker. While the result of RT-LAMP was visualized by ladder pattern on agarose gel. So that, the application of RT-LAMP to detect JDV in the blood of Bali cattle using env-tm gene as target gene can be carried out and futher study using larger sample is needed. Keywords: Jembrana disease virus, blood sample, env-tm, RT-PCR, RT-LAMP
Kata Kunci : Virus jembrana, Darah, env-tm, RT-PCR, Reverse Transcription-Loop Mediated Isothermal Amplification (RT-LAMP).