ANALISIS SEKUEN EKSON 5 DAN 7 GEN p63 PADA EKTRODAKTILI DI SULAWESI SELATAN

FIRDAUS, Dr. Niken Satuti Nur Handayani, M.Sc.

2016 | Tesis | S2 Biologi

Ektrodaktili merupakan kelainan genetik berupa malformasi pada bagian tungkai yang dicirikan oleh kerusakan/cacat pada bagian tengah autopod. Ektrodaktili disebut juga dengan istilah Split Hand and Foot Malformation (SHFM). Mutasi pada Ektrodaktili teridentifikasi pada enam lokus (SHFM1 pada 7q21, SHFM2 pada Xq26, SHFM3 pada 10q24, SHFM4 pada 3q27, SHFM5 pada 2q31, dan SHFM6 pada 12q13.12). Karakter ektrodaktili di Sulawesi Selatan menunjukkan kemiripan dengan SHFM4 (3q27/gen p63) yaitu median cleft, sindaktili dan formasi tangan menyerupai sepit. Analisis gen p63 (SHFM4) pada tahun 2000 dan 2001 melaporkan adanya mutasi pada ekson 5 dan ekson 7. Hasil tersebut menjadi dasar dalam penelitian ini yaitu berfokus pada mutasi yang terjadi pada ekson 5 dan ekson 7 gen p63. Prevalensi keberadaan ektrodaktili di dunia adalah 1:10.000-1:90.000. Salah satu upaya pencegahan peningkatan jumlah ektrodaktili adalah melalui identifikasi tipe dan letak mutasinya. Penelitian ini merupakan penelitian deskriptif yang mengkaji tentang tipe dan letak mutasi pada ektrodaktili di Sulawesi Selatan. Selain itu, penelitian ini juga mengkaji hubungan perubahan asam amino dengan struktur protein P63. Metode yang digunakan adalah isolasi, spektrofotometri, amplifikasi, elektroforesis, dan sekuensing gen p63 dari affected dan carrier ektrodaktili di Sulawesi Selatan. Analisis data dilakukan dengan membandingkan hasil sekuensing dengan sekuen gen p63 normal dari database GenBank (Accession number: BAA32593). Hasil alignment menunjukkan adanya mutasi insersi (632insG) dan mutasi transversi (795A menjadi T dan 796C menjadi A) pada ekson 5 serta mutasi insersi (920insC), mutasi delesi (1020-1022delTGG), dan mutasi transisi (1024C menjadi T) pada ekson 7 untuk sekuen affected. Sementara pada sekuen carrier ditemukan adanya mutasi transversi (795A menjadi T dan 796C menjadi A) pada ekson 5 dan mutasi delesi (1020-1022delTGG) dan mutasi transisi (1024C menjadi T) pada ekson 7.

Ectrodactyly is a congenital limb malformation characterized by deficiency or absence of central digits on autopod. Ectrodactyly also known as Split Hand and Foot Malformation (SHFM). Mutation on ectrodactyly identified at six loci (SHFM1 at 7q21, SHFM2 at Xq26, SHFM3 at 10q24, SHFM4 at 3q27, SHFM5 at 2q31, and SHFM6 at 12q13.12). Character of ectrodactyly on South Sulawesi showed similarity with SHFM4 (3q27/p63 gene) i.e. median cleft, syndactyly, and lobster-claw. Analysis on p63 gene (SHFM4) at 2000 and 2001 reported mutation on exon 5 and exon 7. Those result was the basis for this research to focuses on exon 5 and exon 7. Ectrodactyly has a prevalence of 1:10.000-1:90.000 worldwide. One effort prevention increasing in the number of ectrodactyly is through the identification of mutation type and location. This research is a descriptive study that examine mutation type and location at ectrodactyly on South Sulawesi. In addition, this research also examine the relationship of amino acid changes in P63 protein structure. Methods used were isolation, spectrofotometri, amplification, electrophoresis, and p63 gene sequencing of affected and carrier ectrodatyly on South Sulawesi. Data analysis were performed by compared the result of sequencing and the normal gene sequence from GenBank database (Accession number: BAA32593). Alignments result indicated insertion mutation (632insG) and transversion mutation (795A being T and 796C being A) on exon 5, then insertion mutation (920insC), deletion mutation (1020-1022delTGG), and transition mutation (1024C being T) on exon 7 for affected sequence. While for carrier sequence found transversion mutation (795A being T and 796Cbeing A) on exon 5 and deletion mutation (1020-1022delTGG) and transition mutation (1024C being T) on exon 7.

Kata Kunci : Ektrodaktili, mutasi, p63, ekson 5, ekson 7 / Ectrodactyly, mutation, p63, exon 5, exon 7