ANALISIS GENETIK KUDA (Equus caballus) LOMBOK BERDASARKAN GEN PENYANDI NADH Dehydrogenase Sub-unit 2 (ND2)

SINUNG BAGAS PRAKOSA, Dr. drh. Yuriadi, M. P.

2016 | Skripsi | S1 KEDOKTERAN HEWAN

Kuda (Equus caballus) Lombok merupakan kuda lokal asli Indonesia yang sampai saat ini masih banyak digunakan untuk menarik kereta kuda roda dua sebagai alat transportasi tradisional masyarakat lombok, yang disebut dengan cidomo, dan populasinya semakin berkurang. Sehubungan dengan hal itu, perlu dilakukan upaya konservasi secara in-situ dan ex-situ. Identifikasi jenis kuda diperlukan untuk usaha konservasi. Salah satunya dapat dilakukan dengan identifikasi secara molekuler. Tujuan dari penelitian ini adalah mempelajari dan mengkaji keragaman genetik gen penyandi NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2) pada kuda lokal Lombok dan melihat kedekatan genetik dengan kelompok kuda lainnya. Sebanyak 3 buah tabung darah EDTA masing-masing dari 3 ekor kuda lokal asli lombok untuk isolasi DNA di laboratorium biokimia, Departemen Biokimia FKH UGM. Isolasi DNA kuda lokal asli lombok sebagai cetakan pada amplifikasi gen ND2 dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR), primer ND2 Forward dan primer ND2 Reverse. Kondisi PCR pre-denaturasi 94ºC selama 5 menit, denaturasi 94ºC selama 30 detik, annealling 52ºC selama 45 detik, elongasi 72ºC selama 1 menit 30 detik dan post-elongasi 72ºC selama 5 menit sebanyak 35 siklus kemudian dilanjutkan dengan sekuensing, hasil sekuensing ND2 dibandingkan dengan kuda lain yang diambil dari Genbank dan selanjutnya dianalisis menggunakan program MEGA versi 6.06 dan filogram menggunakan metode Neighbor – Joining dengan nilai bootstrap 1000x antar kuda Lombok dengan kuda lain dari Genbank (Equus caballus isolate shagya Arab breed, Equus caballus, Equus caballus breed Holstein, Equus caballus Russian Riding Horse, Equus caballus breed Westphalian, Equus przewalskii, Equus caballus breed Hungarian Coldblood, Equus asinus dan Equus zebra). Hasil analisis gen menunjukkan NADH Dehydrogenase sub-unit 2 tidak dapat digunakan sebagai penanda genetik diantara kuda Lombok itu sendiri dan dengan kelompok kuda lain.

Lombok horse (Equus caballus) is an Indonesian native horse is still widely used to pull two-wheeled horse-drawn carriage in Lombok as traditional public transportation, called cidomo, and the population is decreasing. In that respect, conservation efforts need to be done in-situ and ex-situ. Identify the type of horse required for conservation efforts. One of them can be done with the identification of the molecular basis. The purpose of this research is to study and assess closeness and the genetic diversity of the gene encoding NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2) on the local horse Lombok and with another horse group. Three pieces EDTA blood tubes each of the 3 local native Lombok horse for isolation of DNA in the laboratory of biochemistry, Department of Biochemistry, Faculty of Veterinary Medicine Gadjah Mada University. DNA Isolation from Lombok local horse as template on ND2 gene amplification with the method of Polymerase Chain Reaction (PCR), primers ND2 Forward and primers ND2 Reverse. PCR conditions pre-denaturation 94ºC for 5 minutes, denaturation 94ºC for 30 seconds, annealling 52ºC for 45 seconds, elongation 72ºC for 1 minute 30 seconds and post-elongation 72ºC for 5 minutes at 35 cycles then followed by sequencing, the sequencing results ND2 compared with another horse retrieved from Genbank and then analyzed using the program MEGA version 6.06 and filogram using the Neighbor - Joining with the value of the bootstrap 1000x between horse Lombok with another horse from Genbank (Equus caballus isolate shagya Arab breed, Equus caballus, Equus caballus breed Holstein, Equus Russian caballus Horse Riding, Westphalian breed Equus caballus, Equus przewalskii, Coldblood Hungarian breed Equus caballus, Equus asinus and Equus zebra). The results of gene analysis shows NADH Dehydrogenase sub-unit 2 can not use as a reference of genetic marker among Lombok horse itself and with another horse group.

Kata Kunci : Keywords: Equus caballus, NADH dehydrogenase subunit 2 (ND2), Sequencing, Neighbor-Joining