ANALISIS KERAGAMAN BAKTERI PADA SALURAN PENCERNAAN IKAN GURAMI (Osphronemus gouramy Lac.) DAN IKAN GABUS (Channa striata) MELALUI PENDEKATAN CULTURE-INDEPENDENT

RENA NURUL UMMAH, Ir. Jaka Widada, M.P., Ph.D.; Dr. Ir. Triyanto, M.Si.; M. Saifur Rohman, S.P., M.Si., M.Eng., Ph.D.

2015 | Skripsi | S1 MIKROBIOLOGI PERTANIAN

Intisari Saluran pencernaan hewan akuatik merupakan salah satu ekosistem yang memiliki keragaman bakteri yang tinggi. Saluran pencernaan ikan dihuni oleh berbagai mikrobia berbeda tergantung pada lingkungan dan pola makan ikan. Berdasarkan pola makannya,, ikan dikelompokkan menjadi omnivora, herbivora dan karnivora. Pola makan sangat berpengaruh terhadap mikrobia yang menghuni saluran pencernaan ikan. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui tingkat keragaman dan kelimpahan bakteri pada saluran pencernaan ikan herbivora, yaitu Gurami (Osphronemus gouramy, Lac.) dan ikan karnivora, yaitu gabus (Channa striata) menggunakan metode culture-independent. Salah satu metode culture-independent yang dapat dilakukan untuk menganalisis keragaman bakteri di dalam suatu ekosistem adalah T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism). Melalui analisis kluster dan indeks diversitas Shannon-Wiener diketahui bahwa tingkat keragaman bakteri pada saluran pencernaan ikan herbivora lebih tinggi dibandingkan dengan ikan karnivora. Genus bakteri yang dominan pada saluran pencernaan ikan gurami adalah Collinsella, Bifidobacterium, Aplha-proteobacterium sementara pada ikan gabus adalah Collinsella, Proteus, dan Nitratiruptor. Kata kunci: T-RFLP, saluran pencernaan, ikan herbivora dan karnivora

Abstract Digestive tract of aquatic animal is one of the ecosystems that has high level of genetic diversity. Fish digestive tract is inhabited by a variety of different microbes depends on the environment and fish diet. Based on diet or feeding habit, fish grouped into omnivores, herbivores and carnivores. The feeding habit is strongly related to microbes population in fish gastrointestinal. This study aims to determine the level of diversity and abundance of bacteria in the digestive tract of herbivorous fish, i.e. carp (Osphronemus gouramy, Lac.) and carnivorous fish, i.e. snakehead fish (Channa striata) using culture-independent methods. One of the culture-independent methods that can be used to analyze bacterial diversity in particular ecosystem is T-RFLP (Terminal Restriction Fragment Length Polymorphism). Through the cluster analysis and Shannon-Wiener diversity index, known that the level of diversity of bacteria in the digestive tract of herbivorous fish is higher than the carnivorous fish. The dominant genus of bacteria in the digestive tract of carp are Collinsella, Bifidobacterium, and Alpha proteobacterium, while in the snakehead fish are Collinsella, Proteus, and Nitratiruptor. Keywords: T-RFLP, digestive tract, herbivorous and carnivorous fish

Kata Kunci : T-RFLP, saluran pencernaan, ikan herbivora, ikan karnivora/ T-RFLP, digestive tract, herbivorous fish, carnivorous fish