UJI SPESIFISITAS METODE DETEKSI CEMARAN DAGING TIKUS DALAM BAKSO SAPI MENGGUNAKAN TEKNIK POLYMERASE CHAIN REACTION (PCR)-PRIMER SPESIFIK BERDASARKAN URUTAN DNA MITOKONDRIA

IRMA NURYANTI, Dr. Tri Joko Raharjo,M.Si.; Dr. Respati Tri Swasono, M.Phil.

2014 | Tesis | S2 Ilmu Kimia

Telah dilakukan uji spesifitas metode deteksi cemaran daging tikus dalam bakso sapi menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR)-primer spesifik berdasarkan urutan DNA mitokondria. Penelitian ini bertujuan untuk membuat primer spesifik yang berasal dari genom mitokondria tikus (Mus musculus castaneus) sebagai penanda DNA untuk deteksi adanya kontaminasi daging tikus pada bakso. Primer didesain dengan menggunakan software primer-BLAST. Uji kinerja primer dilakukan dengan amplifikasi PCR-primer spesifik menggunakan template DNA dari bakso tikus sebagai kontrol positif dan bakso sapi sebagai kontrol negatif. Spesifitas primer ditentukan dengan membandingkan penanda spesifik terhadap DNA tikus dan lima spesies lain (sapi, ayam, babi, kuda dan kambing). Bakso dibuat dengan mencampurkan daging tikus kedalam daging sapi dengan jumlah penambahan 1, 2, 5, 10, 25 dan 50% (b/b) untuk uji sensitivitas primer. Primer ND1-P1 forward (5'-CGGCATCCTACAACCATTTGC-3') dan reverse 5'-CGGCTCGTAAAGCTCCGAA-3') dengan ukuran produk amplifikasi 294 pb dipilih berdasarkan uji kinerjanya dari 9 kandidat primer. Fragmen spesifik ND1-P1 telah berhasil mengamplifikasi fragmen target pada tikus sedangkan pada 5 spesies lain tidak teramplifikasi. Analisis terhadap bakso sapi yang telah dicemari dengan daging tikus menunjukkan tingkat sensitivitas metode uji hingga 5% (b/b). Oleh karena itu, gen ND1 berpotensi sebagai sumber penanda spesifik untuk mendeteksi daging tikus pada produk asal daging.

Specificity testing of detection method of rat meat contamination in beef meatballs using specific primer-polymerase chain reaction (PCR) technique based on mitochondrial DNA sequence have been carried out. This study aimed to create a specific primer derived from mitochondrial rat (Mus musculus castaneus) genome as the DNA marker for detection of rat meat in meatballs. The primer was designed using primer-BLAST software. Testing of primer performance was conducted by amplification of specific primer-PCR using DNA template of rat meatballs as positive control and beef meatballs as negative control. Specificity of the primer was also studied by comparing DNA template of rat to five other species (cattle, chicken, pig, horse and goat). Meatballs made of beef meat with addition of rat meat (1, 2, 5, 10, 25 and 50% (w/w)) were tested to obtained sensitivity of the primer. Primer ND1-P1 forward (5'-CGGCATCCTACAACCATTTGC-3') and reverse (5'-CGGCTCGTAAAGCTCCGAA-3') with amplification product size of 294 bp is selected from 9 primer candidates based on its performance. The specific fragment of ND1-P1 primer only amplify the target fragment in rat DNA but not in other species. Rat meat in meatballs can be detected at concentration as low as 5% (w/w). Therefore, the ND1 gene is potentially as specific marker for detection of rat meat in the meat products.

Kata Kunci : DNA mitokondria, tikus, PCR-primer spesifik, produk asal daging