PENGEMBANGAN LATERAL FLOW IMMUNOASSAY SEBAGAI ALAT DETEKSI AMPLIFIKASI ISOTERMAL VIRUS DENGUE

Yusnita M. Anggraeni, Dr. drh. Asmarani Kusumawati, MP.

2014 | Tesis | S2 Bioteknologi

Demam berdarah Dengue (DBD) merupakan salah satu penyakit yang menjadi permasalahan utama di Indonesia. Deteksi dini terhadap penyakit tersebut diharapkan mampu mengurangi permasalahan yang ditimbulkan. Deteksi RNA virus Dengue dilakukan dengan nucleic acid sequence-based amplification (NASBA) secara isotermal pada 41°C sehingga mengeliminasi penggunaan thermocycler. Deteksi amplikon NASBA dilakukan dengan lateral flow immunoassay (LFIA) yang lebih sederhana daripada electrochemilumiscence (ECL). Penelitian ini dilakukan untuk membuktikan kemampuan rancangan primer NASBA dan rancangan probe LFIA untuk mendeteksi virus Dengue, membandingkan kemampuan LFIA dengan rancangan probe terhadap NASBA dan RT-PCR, mengukur sensitivitas metode LFIA dalam skala laboratorium untuk deteksi hasil NASBA virus Dengue, serta mengukur spesifisitas metode LFIA dalam skala laboratorium untuk deteksi hasil NASBA virus Dengue bila dibandingkan dengan virus Chikungunya Penelitian diawali dengan perancangan primer untuk NASBA. Perancangan primer untuk reaksi RT-PCR dilakukan untuk menguji kemampuan primer dapat berjalan pada reaksi NASBA. Selanjutnya reaksi NASBA dilakukan pada sampel darah pasien DBD dengan kontrol positif yang diisolasi dari kultur sel C6/36. Uji sensitivitas reaksi NASBA selanjutnya dilakukan dengan pengenceran bertingkat RNA virus Dengue serotipe 3. Diikuti dengan uji spesifisitas mengunakan RNA virus Chikungunya. Produk reaksi NASBA tersebut kemudian divisualisasikan pada LFIA dan gel agaros sebagai pembanding. Metode LFIA dengan rancangan probe yang sudah disusun dapat digunakan untuk deteksi hasil amplifikasi isotermal virus Dengue, ditunjukkan dengan munculnya pita produk pada ukuran ±200 bp. Metode LFIA untuk deteksi hasil amplifikasi isotermal virus Dengue memiliki sensitivitas hingga konsentrasi 1 pg/μl, lebih rendah daripada RT-PCR (0,1 pg/ μl). Metode LFIA spesifik pada virus Dengue dan tidak pada virus Chikungunya. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan sebagai metode yang ekonomis dan sederhana untuk mendeteksi hasil amplifikasi isotermal virus Dengue.

Dengue hemorrhagic fever (DHF) is a major disease in Indonesia. Early detection of the disease is expected to reduce the problems caused by the Dengue disease. Detection of dengue virus conducted by isothermal nucleic acid sequencebased amplification (NASBA) resulted in the elimination of thermocycler. Amplicon of NASBA are detected by lateral flow immunoassay (LFIA) which is a simple method. This study was conducted to determine the NASBA primers’ and LFIA probe’s ability to detect Dengue virus, to determine the ability of LFIA with designed probe compared to NASBA and RT-PCR, to measure the sensitivity and specificity of LFIA in laboratory scale. The study began with the primers design for NASBA. Primers design for RT-PCR performed to test whether the primers can run on NASBA reaction. The NASBA reaction was performed on blood samples with positive controls from C6/36 cell culture. Sensitivity assay of NASBA was performed by dilution of Dengue virus serotype 3, followed by specificity assay using Chikungunya virus. Product of NASBA was visualized on LFIA and agarose gel for comparison. Probes construction for LFIA method can be used for Dengue virus detection, indicated by the appearance of bands at the size of 200 bp. This method has a sensitivity of up to 1 pg/ μl, lower than RT-PCR (0,1 pg/ μl). This method shows no cross-reaction to Chikungunya virus. The results can be applied as a simple and economical method for detection of Dengue virus.

Kata Kunci : Dengue, NASBA, LFIA