BIOSISTEMATIKA DUKU, KOKOSAN DAN LANGSAT DI INDONESIA

Laila Hanum, S.Si., M.Si., Dr. Rina Sri Kasiamdari

2013 | Disertasi | S3 Biologi

Lansium domesticum Corr. adalah tumbuhan buah tropis yang populer dan banyak tumbuh dan tersebar di wilayah Asia Tenggara seperti di Indonesia, Malaysia dan Filipina. Tumbuhan ini diklasifikasi ke dalam famili Meliaceae. Terdapat tiga kultivar yang berbeda dari tumbuhan ini yang umum di Indonesia yaitu duku, kokosan dan langsat. Secara morfologis semua kultivar tumbuhan ini hampir mirip satu sama lain dan identifikasi tumbuhan ini sangat sulit bagi pemulia tanaman. Tujuan penelitian ini adalah mengoleksi, mengkarakterisasi dan mengidentifikasi berbagai variasi kultivar duku, kokosan dan langsat di Indonesia, juga menentukan status taksonomi serta hubungan kekerabatannya. Eksplorasi yang dilakukan menggunakan purposive sampling methods pada daerah sentra pertanaman duku, kokosan dan langsat di Indonesia yaitu Pulau Sumatera, Jawa, Kalimantan, dan Kepulauan Maluku. Pendekatan morfologis meliputi pembuatan herbarium, karakterisasi morfologi, deskripsi dan identifikasi, pembuatan kunci identifikasi, serta analisis hubungan kekerabatan. Analisis hubungan kekerabatan fenetik diantara duku, kokosan dan langsat asal Indonesia menggunakan RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA). Sebelas primers yang digunakan antara lain OPA-01, OPA-02, OPA-10, OPB-07, OPB-11, OPB-12, OPB-15, OPT-16, OPU-14, OPU-19, dan OPU-20 untuk amplifikasi. Hubungan kekerabatan filogenetik diantara kultivar L. domesticum didasarkan analisis sekuens nukleotida daerah ITS rDNA menggunakan primer F1 dan R1. Sekuens nukleotida diidentifikasi menggunakan Sequence Scanner Software Program version 1.0, sekuens nukleotida dari ITS1, 5.8S, dan ITS2 digabungkan dengan menggunakan EditSeq dan SegMan in software Suite for Sequence Analysis DNASTAR Lasergene DM version 3.0.25. Telah berhasil dikoleksi dan didata 29 kultivar duku, kokosan dan langsat yang terdiri dari 19 duku, 2 kokosan dan 8 langsat dari daerah sentra pertanaman di Indonesia. Berdasarkan karakterisasi dan identifikasi secara mikro dan makromorfologis menunjukkan bahwa status taksonomis duku, kokosan dan langsat termasuk dalam satu genus yaitu Lansium, dengan nama spesies Lansium domesticum dan pada kategori infraspesies dibagi atas dua grup yaitu grup duku dan grup kokosan-langsat. Hubungan kekerabatan fenetik diantara duku, kokosan dan langsat yang dianalisis menggunakan RAPD dengan 11 primer dihasilkan total 122 pita DNA dan 105 adalah polimorfik. Pada primer OPB-07, opt-16, OPU-14 dan OPU-19 yang menghasilkan semua pita DNA polimorfik. Ukuran fragmen DNA berkisar antara 65-1200 bp. Amplifikasi menggunakan primer F1 and R1 menunjukkan ukuran fragmen DNA antara 785-973bp. Adanya perbedaan fragment DNA ini mengindikasikan adanya polimorfisme diantara duku, kokosan dan langsat. Berdasarkan pola pengelompokan yang terbentuk baik dengan pendekatan morfologis maupun molekular terbentuk dua klaster utama yaitu klaster duku dan klaster kokosan-langsat. Hasil penelitian mendukung penempatan duku, kokosan dan langsat pada Marga Lansium, Jenis L. domesticum Corr. dan pada kategori infraspesies terbagi dua grup yaitu grup “duku”, dan grup “kokosan-langsat”.

Lansium domesticum Corr. is popular fruits plant occurs mainly in South-East Asia especially in Java-Indonesia, Malay Peninsula, and the Philippines and where it is widely distributed and grown. The plant is classified under the family Meliaceae. There are three different types of L. domesticum which are commonly grown in Indonesia, namely duku, kokosan and langsat. The morphological appearance of all cultivar is nearly the same, and identification of the cultivar is very difficult for growers. The aims of this study were to collect, characterize and identify variability of duku, kokosan and langsat fruit in Indonesia, to determinate taxonomycal status of phylogenetic relationship within different cultivar of L. domesticum. Exploration has been done using purposive sampling methods by visiting some horticulture centers in Indonesia including Sumatera, Jawa, Kalimantan and Kepulauan Maluku. Morphological approach included herbarium, morphological characterization, description, identification, and relatedness analysis. Analysis of phenetic relatedness among duku, kokosan and langsat from Indonesia were investigated using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers. Eleven primers (OPA-01, OPA-02, OPA-10, OPB-07, OPB-11, OPB-12, OPB-15, OPT-16, OPU-14, OPU-19, and OPU-20) were used for amplification. Phylogenetic relationship within different cultivar of L. domesticum based on sequencing ITS rDNA region. DNA was isolated from leaves of plant and then amplified using F1 and R1 primers. Nucleotides sequences identified using Sequence Scanner Software Programm version 1.0, nucleotides sequences from ITS1, 5.8S, and ITS2 region has been mergered using EditSeq and SegMan in software Suite for Sequence Analysis DNASTAR Lasergene DM version 3.0.25. The result of this research showed that exploration data recorded there were 29 cultivars of duku, kokosan and langsat consisting of 19 dukus, 2 kokosans and 8 langsats from all horticulture centers in Indonesia. Based on macro and micromorphological caracterization and identification exhibited that taxonomi status of duku, kokosan and langsat as one genus is Lansium, and species, namely Lansium domesticum and for category of infraspecies divide into two group were duku group and kokosan-langsat groups. Phenetic relatedness among duku, kokosan and langsat from Indonesia using random amplified polymorphic DNA (RAPD) markers with eleven primers showed that yielded a total of 122 DNA bands, of which 105 were polymorphic. Primer OPB-07, OPT-16, OPU-14 and OPU-19 produced all of the polymorphic DNA bands. The size of the amplified DNA fragments ranged from 65-1200 bp. DNA was isolated from leaves of plant and then amplified using F1 and R1 primers showed that DNA fragments ranging in size from 785 bp-973 bp. Different of DNA fragments indicated polymorphism among duku, kokosan and langsat. Based on morphological and molecular approaches placed duku, kokosan and langsat in the genus of Lansium and included as a species of L. domesticum, as well defined as two groups namely L. domesticum group duku and L. domesticum group kokosan-langsat.

Kata Kunci : Taksonomi, Lansium domesticum Corr., duku, kokosan dan langsat, hubungan Kekerabatan fenetik, hubungan kekerabatan filogenetik, RAPD, daerah ITS