HUBUNGAN KEKERABATAN FENETIK MELON (Cucumis melo L.) KULTIVAR GAMA MELON PARFUM DENGAN TETUA BERDASARKAN RANDOM AMPLIFIED POLYMORPHIC DNA

JIHAD WINTOLO, Dr. Budi Setiadi Daryono, M.Agr.Sc.

2013 | Skripsi | BIOLOGI

Melon (Cucumis melo L.) kultivar Gama Melon Parfum (GMP) berpotensi digunakan sebagai bahan baku parfum yang saat ini masih tergantung pada produk impor. Kultivar GMP merupakan hasil pemuliaan tanaman dari persilangan antara melon Natsuno Omoide (NO3) dan Miyamauri (MR5). Variasi genetik GMP telah diketahui, tetapi untuk tetuanya belum diketahui. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis variasi genetik tetua dari GMP kemudian dibandingkan dengan GMP, sehingga dapat mengetahui hubungan kekerabatan fenetik antara GMP dan tetuanya. Variasi genetik tetua dari GMP, yaitu NO3 dan MR5 dianalisis menggunakan metode Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA (PCR-RAPD) dengan 11 primer. Tingkat similaritas genetik ditentukan dengan rumus Simple Matching Coefficient (SSM) dan dendogram dikonstruksi dengan analisis pengklasteran Unweighted Pair-Group Using Arithmatic Averages (UPGMA). PCR-RAPD dengan 11 primer menghasilkan 186 lokus yang terdiri dari 94,09% DNA polimorfik dan 5,91% DNA monomorfik. Hasil analisis variasi genetik menunjukkan kultivar GMP memiliki hubungan kekerabatan dengan tetuanya NO3 pada tingkat similaritas 51,43% dan MR5 pada tingkat similaritas 44,30%. MR5 memiliki pita DNA spesifik pada ukuran 220 bp, 480 bp, 730 bp, dan 1.100 bp dengan primer OPAX-16; 430 bp dengan primer OPT-20; 900 bp dan 1500 bp dengan primer BC-388; 900 bp dengan primer OPA-07; sedangkan NO3 memiliki pita DNA spesifik pada ukuran 1.000 bp dengan primer BC-388.

Melon (Cucumis melo L.) Gama Melon Parfum (GMP) cultivar has potential be used as a perfume raw material, which is still dependent on import products. GMP cultivar is the result of cross breeding between Natsuno Omoide (NO3) and Miyamauri (MR5) melons. The genetic variation of GMP has been identified, but the parents have not been studied yet. This study was aimed to analyze the genetic variation of GMP‟s parents, then compared with GMP, to determine the fenetic relationship between GMP and its parents. Genetic variation of GMP‟s parents, the NO3 and MR5 analyzed using the Polymerase Chain Reaction-Random Amplified Polymorphic DNA (PCR-RAPD) method with 11 primers. Level of genetic similarity was determined by Simple Matching Coefficient (SSM) and dendogram constructed by clustering analysis using Unweighted Pair-Group Arithmetic Averages (UPGMA). PCR-RAPD with 11 primers produced 186 loci consisting of 94.09% polymorphic DNA and 5.91% of monomorphic DNA. Result of the analysis of genetic variation suggests that GMP cultivar has fenetic relationship with NO3 in 51.43% of similarity and MR5 in 44.30% of similarity. MR5 has specific DNA bands on the size of 220 bp, 480 bp, 730 bp, and 1100 bp with OPAX-16 primer; 430 bp with OPT-20 primer; 900 bp and 1500 bp with BC-388 primer; 900 bp with OPA-07 primer; and NO3 has specific DNA bands on the size of 1000 bp with BC-388 primer.

Kata Kunci : melon (Cucumis melo L.), Gama Melon Parfum, Natsuno Omoide (NO3), Miyamauri (MR5), RAPD, kekerabatan fenetik